本发明提供一种从富硒海藻中分离的富硒呈味肽、制备方法和应用。本发明的方法是(1)将海藻粉经生物酶分段酶解,以便获得酶解液;(2)将所述酶解液进行超滤分离处理,以便获得混合呈味肽;以及(3)将所述混合呈味肽进行反相高效液相色谱纯化分离,以便获得目标呈味肽。所述呈味肽具有SEQ ID NO:1所示的氨基酸序列。本发明的呈味肽呈味效果明显,可同时呈鲜味和甜味,阈值低、纯度高,可应用于食品领域的多个分支,提高食品风味的同时,也能提高食品的营养价值。同时由于其含有有机硒,可以将其制备成抗癌功能和/或防癌功能的保健品。