本发明公开了一对控制西瓜侧枝长短的基因ClSLB/Clslb及其用途,属于生物技术领域。本发明中控制西瓜短侧枝性状的基因Clslb,全长5252bp,在短侧枝西瓜材料中表现为隐性纯合,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,控制西瓜长侧枝性状的基因ClSLB,全长5253bp,在长侧枝西瓜材料中表现为显性本发明为研究西瓜侧枝形成的分子机制、西瓜侧枝长短的分子鉴定和分子标记辅助育种提供了扎实的理论依据,并为今后西瓜短侧枝品种的选育,提高其选育的准确性,加快其育种进程具有十分重要的意义,以最终实现西瓜简约化和机械化栽培等农业实践为研究目的