[发明专利]基于分子形状匹配的药物筛选方法有效
| 申请号： | 201810579614.8 | 申请日： | 2018-06-07 |
| 公开（公告）号： | CN108875298B | 公开（公告）日： | 2019-06-07 |
| 发明（设计）人： | 刘海广;西西莉亚路帕拉 | 申请（专利权）人： | 北京计算科学研究中心 |
| 主分类号： | G16C10/00 | 分类号： | G16C10/00 |
| 代理公司： | 北京孚睿湾知识产权代理事务所(普通合伙) 11474 | 代理人： | 韩燕 |
| 地址： | 100000*** | 国省代码： | 北京;11 |
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| 摘要： | 本发明提供了一种基于分子形状匹配的药物筛选方法，其包括：根据目标形状，利用三维Zernike函数计算目标形状的展开系数Cnlm标和形状描述因子Fnl标；利用三维Zernike函数，计算化合物库中每个化合物的展开系数Cnlm分子和形状描述因子Fnl分子；通过比对每个化合物的Fnl分子与Fnl标之间的差异性，对化合物库进行初步筛选；以及再将初次筛选后得到的备选化合物的Cnlm分子与Cnlm标进行对比，对备选化合物进行二次筛选。该筛选方法，通过分步衡量化合物库中每个化合物与目标形状的相似性，极大的降低了筛选过程中的计算量，大幅缩减了备选分子的数目，筛选效率高、且增加药物筛选的成功率。 | ||
| 搜索关键词： | 目标形状 药物筛选 筛选 形状描述因子 备选化合物 分子形状 化合物库 展开系数 匹配 三维 计算化合物 初步筛选 二次筛选 函数计算 差异性 计算量 备选 比对 成功率 衡量 | ||
【主权项】：
1.一种基于分子形状匹配的药物筛选方法，其特征在于，其包括：根据与靶标生物大分子的结合部位相符的目标形状，利用三维Zernike函数计算所述目标形状的展开系数Cnlm标和形状描述因子Fnl标；利用三维Zernike函数，计算化合物库中每个化合物的展开系数Cnlm分子和形状描述因子Fnl分子；通过比对每个化合物的形状描述因子Fnl分子与所述目标形状的形状描述因子Fnl标之间的差异性，对所述化合物库进行初步筛选得到备选化合物；以及再将所述备选化合物的展开系数Cnlm分子与所述目标形状的展开系数Cnlm标进行对比，对所述备选化合物进行二次筛选；所述备选化合物的展开系数Cnlm分子与所述目标形状的展开系数Cnlm标之间的相似度通过皮尔森相关系数进行评价；利用三维Zernike函数的展开系数Cnlm标对备选化合物分子进行旋转得出最优的空间方位使得参与比较的分子与目标形状的重合最大，在具体匹配操作中，目标形状的空间取向固定不变，化合物分子遍历SO(3)旋转空间的全部取向，选取匹配最佳的方位得出皮尔森相关系数cc作为该化合物与目标形状的匹配度衡量；相关系数的计算利用快速傅里叶变换进行全局扫描，再针对重点空间取向利用单纯形方法进行局部优化。
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