[发明专利]一种用于肝癌易感基因早筛的核酸质谱的检测方法

摘要

本发明涉及基因检测领域，具体涉及一种用于肝癌易感基因早筛的核酸质谱的检测方法。本发明考虑了中国人群与欧美人群肝癌基因谱的差异性，筛选出与中国人肝癌易感相关基因的SNPs以及与肝癌相关的基因突变位点的组合，利用核酸质谱仪对肝癌相关的遗传学标识进行广泛(高通量检测位点、高通量检测样本)筛查和检验。通过本发明的方法检出成功率高、技术重现性好、性价比高，可实现单个小样本多基因的检测，满足小样本最大化使用；本发明的方法是基于MassARRAY核酸质谱技术，较Sanger测序具有高准确性、高灵敏性的技术优势，检测结果稳定，提高了检测阳性率。

主权项

一种用于肝癌易感相关基因的核酸质谱早筛的方法，其特征在于，包括如下步骤：(1)筛选出可用来评估个体罹患肝癌风险的特异性和敏感性的基因SNPs和基因突变位点；(2)设计步骤(1)的肝癌易感SNPs位点和基因突变位点的扩增引物和单碱基延伸引物；(3)将步骤(2)中的扩增引物分组，各组中所含的各SNP位点和基因突变位点的上下游引物等摩尔混合，得到对应的扩增引物混合液，每管扩增引物混合液的最终工作浓度为0.5μM；(4)依照步骤(3)中扩增引物分组的方式，将步骤(2)中的单碱基延伸引物分组，每一组根据其所含的每一条延伸引物的分子量，按相应体积进行混合，分别得到单碱基延伸引物混合液；(5)以待测样品外周血基因组DNA为模板，对步骤(3)中的每组扩增引物混合液分别进行PCR扩增，所得扩增产物最终在4℃保存；(6)应用核酸外切酶和虾碱式磷酸酶消化步骤(5)的扩增产物；(7)将步骤(6)纯化后的产物进行单碱基延伸反应：分别将步骤(6)中纯化后的每组扩增产物加入步骤(4)中对应的延伸引物混合液，即第一组扩增产物加入第一组延伸引物混合液，第二组扩增产物加入第二组延伸引物混合液，第三组扩增产物加入第三组延伸引物混合液；(8)脱盐树脂纯化延伸产物；(9)MassARRAY平台检测分析进行芯片点样、扫描，检测结果使用TYPER4.0软件(sequenom)分型并输出结果，通过观察质谱峰变异碱基处是否出峰来判断是否存在基因变异。