[发明专利]一种物种间基因家族亲缘关系计算方法

摘要

本发明公开了一种物种间基因家族亲缘关系计算方法，包括确定一个基因家族为指定基因家族，计算两个考察物种谁与参考物的指定基因家族亲缘关系更近，计算方法为将参考物种指定基因家族的基因分别与两个考察物种指定基因家族的基因进行两两序列比对，分别获取多个阈值条件下的考察物种的参考物种非冗余基因数量，确定相同阈值条件下考察物种间的参考物种非冗余基因数量的差值的绝对值最大且参考物种非冗余基因数量较多所对应的考察物种为与参考物种指定基因家族亲缘关系更近，可认为该考察物种与参考物种具有更相似的相应形态发育特征，而应用于优势物种或目的物种的筛选，还可反映不同物种间基因家族的进化关系。

主权项

1.一种物种间基因家族亲缘关系计算方法，其特征在于：确定一个待分析的基因家族作为指定基因家族；选择参考物种，获取其所述指定基因家族所包含的基因作为参考基因；确定第一考察物种，获取其所述指定基因家族所包含的基因作为第一考察基因；确定第二考察物种，获取其所述指定基因家族所包含的基因作为第二考察基因；将参考基因与第一考察基因进行两两序列比对，从该序列比对结果中获取大于阈值条件的参考物种的非冗余基因数量作为第一考察物种的参考物种非冗余基因数量，所述阈值条件为匹配序列长度和匹配序列相似性值的组合，所述大于阈值条件为大于匹配序列长度且大于匹配序列相似性值，所述阈值条件的数量大于等于2个；将参考基因与第二考察基因进行两两序列比对，从该序列比对结果中获取大于所述阈值条件的参考物种的非冗余基因数量作为第二考察物种的参考物种非冗余基因数量；计算相同阈值条件时第一考察物种的参考物种非冗余基因数量与第二考察物种的参考物种非冗余基因数量的差值，确定差值的绝对值最大且参考物种非冗余基因数量较大的考察物种为与参考物种指定基因家族的亲缘关系更近。