[发明专利]一种基于状态转移模型的新一代测序拷贝数变异仿真方法有效
| 申请号： | 201611040978.6 | 申请日： | 2016-11-24 |
| 公开（公告）号： | CN106682450B | 公开（公告）日： | 2019-05-07 |
| 发明（设计）人： | 高美虹;袁细国;张军英;杨利英;李杰;白俊 | 申请（专利权）人： | 西安电子科技大学 |
| 主分类号： | G16B5/00 | 分类号： | G16B5/00 |
| 代理公司： | 北京科亿知识产权代理事务所(普通合伙) 11350 | 代理人： | 汤东凤 |
| 地址： | 710071 陕西省*** | 国省代码： | 陕西;61 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种基于状态转移模型的新一代测序拷贝数变异仿真方法，采用拷贝数变异仿真算法；在仿真算法中增加状态转移模型，在变异仿真之后增加序列生成部分；拷贝数变异包括生殖细胞拷贝数变异和体细胞拷贝数变异；基于Illumina测序平台的Profile文件的生成；将fq文件的reads说明部分的ASCii码转换成碱基的quality value，相应方法是对应字符的ASCii码减去33；将变异仿真后的fa文件和生成的profile文件作为输入，设置read length，利用多线程和序列生成算法，生成并输出最终的fq文件。本发明使得生物变异的仿真更加具有可信度，功能完整，数据真实。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 基于 状态 转移 模型 新一代 拷贝 变异 仿真 方法 | ||
【主权项】：
1.一种基于状态转移模型的新一代测序拷贝数变异仿真方法，其特征在于，所述基于状态转移模型的新一代测序拷贝数变异仿真方法采用拷贝数变异仿真算法，在仿真算法的基础上增加状态转移模型和序列生成部分；所述拷贝数变异包括生殖细胞拷贝数变异和体细胞拷贝数变异；基于Illumina测序平台的Profile文件的生成，核心步骤是将fq文件的reads说明部分的ASCii码转换成碱基的quality value，相应方法是对应字符的ASCii码减去33；将变异仿真后的fa文件和生成的profile文件作为输入，设置read length，利用多线程和序列生成算法，生成并输出最终的fq文件。
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