[发明专利]使用杂交的靶核酸检测

摘要

本发明提供了使用与阵列的杂交来检测包括混合样品在内的样品中的基因座和基因组区域的检测系统和方法。

主权项

1.至少两组的至少两个固定序列寡核苷酸和一组或更多组的至少两个固定序列等位基因特异性寡核苷酸在制备用于提供胎儿拷贝数变异的统计可能性的试剂盒中的用途，其中，/n所述至少两组的至少两个固定序列寡核苷酸中的第一组包含与第一靶基因组区域内的非多态性基因座互补的区域，且其中所述第一组中的固定序列寡核苷酸的至少一个包含第一捕获区域、第一标记结合区域和两个限制位点；/n所述至少两组的至少两个固定序列寡核苷酸中的第二组包含与第二靶基因组区域内的非多态性基因座互补的区域，且其中所述第二组中的固定序列寡核苷酸的至少一个包含所述第一捕获区域、第二标记结合区域和两个限制位点；且/n所述一组或更多组的至少两个固定序列等位基因特异性寡核苷酸包含与不同于所述第一靶基因组区域和所述第二靶基因组区域的至少一个靶基因组区域中的多态性基因座互补的区域，其中所述至少两个固定序列等位基因特异性寡核苷酸中的一个包含与多态性基因座处的一个等位基因互补的序列、等位基因特异性标记结合区域、两个限制位点、和多态性基因座特异性捕获区域，其中对于每个多态性基因座的捕获区域不同于对于每一个其他多态性基因座的捕获区域并且不同于所述第一捕获区域；且/n当所述试剂盒被使用时，包括以下步骤：/n使用所述第一组的至少两个固定序列寡核苷酸通过使所述寡核苷酸与母体样品中的母体和胎儿无细胞DNA杂交来从所述第一靶基因组区域探查至少48个非多态性基因座；/n使用所述第二组的至少两个固定序列寡核苷酸通过使所述寡核苷酸与所述母体样品中的母体和胎儿无细胞DNA杂交来从所述第二靶基因组区域探查至少48个非多态性基因座；/n连接所杂交的固定序列寡核苷酸；/n扩增所连接的固定序列寡核苷酸以产生扩增子；/n在所述限制位点处裂解所述扩增子以产生裂解的扩增子，其中每个裂解的扩增子包含所述第一捕获区域和所述第一标记结合区域或所述第二标记结合区域；/n经由所述裂解的扩增子的所述第一捕获区域和包含与所述第一捕获区域互补的捕获探针的阵列的杂交来检测来自所述第一靶基因组区域和所述第二靶基因组区域的所述裂解的扩增子，其中来自所述第一靶基因组区域和所述第二靶基因组区域的所述裂解的扩增子和与所述第一捕获区域互补的所述捕获探针竞争性杂交；/n通过检测所述第一标记结合区域和所述第二标记结合区域来量化所述裂解的扩增子的所述捕获区域，从而确定来自所述第一靶基因组区域和所述第二靶基因组区域的所探查的非多态性基因座的相对频率；/n基于所述第一标记结合区域和所述第二标记结合区域的相对频率来估计所述第一靶基因组区域和所述第二靶基因组区域的相对频率；/n对于每个多态性基因座使用一组或更多组的至少两个固定序列等位基因特异性寡核苷酸通过使所述寡核苷酸与所述母体样品中的母体和胎儿无细胞DNA杂交来从不同于所述第一靶基因组区域和所述第二靶基因组区域的至少一个靶基因组区域探查至少48个多态性基因座；/n连接对所述多态性基因座有特异性的所述杂交的固定序列寡核苷酸；/n扩增对所述多态性基因座有特异性的所述连接的固定序列寡核苷酸以产生扩增子；/n在所述限制位点处裂解对所述多态性基因座有特异性的所述扩增子以产生裂解的扩增子，其中每个裂解的等位基因特异性扩增子包含多态性基因座特异性捕获区域和等位基因特异性标记结合区域；/n经由所述裂解的扩增子的所述多态性基因座特异性捕获区域与所述阵列上的捕获区域的竞争性杂交来检测来自所述多态性基因座的裂解的扩增子；/n通过检测对于所述裂解的等位基因特异性扩增子上的每个等位基因的所述等位基因特异性标记结合区域来量化所述多态性基因座的所述等位基因，从而确定所述样品中的胎儿DNA分数；/n由所量化的等位基因确定所述胎儿DNA分数；以及/n使用所述样品中所述第一靶基因组区域和所述第二靶基因组区域的所估计的相对频率和所述胎儿DNA分数来计算所述母体样品中胎儿拷贝数变异的统计可能性。/n