[发明专利]一种生物信息学高性能计算平台的信息化管理设计方法

摘要

本发明提供一种生物信息学高性能计算平台的信息化管理设计方法，在生物信息学中一般涉及到多种实验流程，如DNA文库构建，基因组测序，数据处理，结果分析，成果产出，数据共享等多个环节，每个环节有不同的技术人员参与，因此在各个环节传递或是承接中会出现信息丢失或是效率低下等等问题，目前还没有一套完整的方法将整个环节系统性的连接在一起，也没有专业化的工具管理生物信息平台，本发明是一种针对生物信息学高性能计算的实验室信息管理方法，目的是规范生物信息学中实验阶段和计算阶段的流程管理，提高工作效率。

主权项

一种生物信息学高性能计算平台的信息化管理设计方法, 其特征在于内容包括：项目管理模块设计、样品管理模块设计、实验管理模块设计、用户及权限管理模块，其中：1）项目管理模块设计：课题项目，以下简称项目，是实验室运作的核心,所有实验的操作流程和数据都以项目为中心进行组织的，样品、人员、实验室资源也按项目划分，因此绝大多数数据存储部分都和项目的编号关联，系统为每个项目提供一系列配套功能，包括选择样品、人员和分配权限，查看所属项目的实验，实现项目管理，明确项目的具体资源，以便根据情况合理分配资源，大型的生物实验室拥有许多个大型项目，一个大型项目或包含多个子项目，不同项目之间有些数据需要保密，不对外部公开，针对这种情况，项目管理模块被设计成为项目组及项目二级结构管理模式，即一个项目组包含多个不同的项目，有不同的权限设置，在项目里允许查看本项目下正在进行的测序实验流和各个实验的进行状态，这一设计针对大型实验室人员多、项目多，需要进行分类管理的实际情况而产生，在这种设计下，能够更有效地管理大量不同类型的测序实验，提高实验数据导入及查看的效率；2）样品管理模块设计：用来管理测序实验的实验对象，对实验室样品的管理是实验室信息管理中非常重要，而又容易被忽视的一个环节，实验人员更关注实验中产生的数据，但是在测序实验中，需要把每条测序数据回溯关联到样品上，一旦测序数据出现异常，还需要能找到相关样品重新进行测序，因此，加强样品管理环节，项目的样品首先要添加入样品库中，并且在本系统中与相应的项目关联起来后，才能开始创建实验并进行实验数据的管理；3）实验管理模块设计：实验管理模块用于控制实验室的实验流程，管理每个实验产生的数据，并保证所有数据的可回溯性，实验管理模块需要具备任务分配，信息通讯，数据存储的功能，在实验管理模块设计中，我们引入了实验链的概念，每个项目包括多个实验链，一个实验链是由前后顺序排列的多个实验组成，一个实验完成后，由实验人员根据具体要求制定并建立下一个实验，这样就保证实验流程不会混乱，并且实验数据能够关联起来，实验链中每个实验允许有未确认，已建立，已完成状态；为了跟踪一个样品从进入实验链到得出最终测序结果这个过程，并进行有效的数据关联与整合，需要制订实验数据的命名格式规范；4）用户及权限管理模块：权限管理模块对LIMS系统中保存数据的安全性负责，数据的安全性体现在两个方面：数据保密性，数据安全性，为了满足这些数据安全性方面的需求，用户及权限管理模块要求系统使用者必须经过注册并经过管理人员确认才能够使用本系统，每个注册用户被管理人员根据其工作职权授予相应的角色。