[发明专利]PPARD主效基因的鉴别、分子育种方法的建立及应用

摘要

本发明涉及PPARD主效基因的鉴别、分子育种方法的建立及在种猪遗传改良中的应用。本发明通过利用白色杜洛克×二花脸资源群体和中外猪种远缘群体，通过全基因组扫描连锁定位、目的区域基于高密度SNP标记的IBD精细定位和远缘群体的选择效应分析、最后鉴别了猪耳性状、脂肪沉积、头重和胴体长的主效基因-PPARD和关键因果突变位点-G32E。通过现代分子生物学技术检测该位点，利用基因辅助选择的方法，选择有利的基因型个体留种，可以显著提高种猪耳性状、脂肪沉积、头重和胴体长性状的选育改良效率。本发明还公开了上述基因及其因果突变位点的鉴别过程以及利用本发明的基因标记进行猪耳性状、脂肪沉积、头重和胴体长选育的方法。

主权项

一个影响猪耳性状、脂肪沉积、头重和胴体长的主效基因，其特征在于：cDNA序列具有下述核苷酸序列之一：(1)序列表中SEQ ID No：2的多核苷酸，它由2717个碱基组成，其序列如下所示：gttgacagga actgccctgt agaggtccat ctgcactcag acccagatga tgccagagct    60atgaccgggc ctgcaggcgt ggcgccgagg ggaagtcagc catggagcag ccgccggagg    120aagcccctga ggtccgggaa gaggagaaga aaaaggaagt ggcagaggcc gaaggaggcc    180cagagctcaa tgggggacca gagcactcgc ttccctccag cagctgtaca gatctctccc    240agagctgctc tccacccgcg ctgctggacc agctgcagat gggctgcgac ggggcctcgt    300gcggtggcct cagcatggag tgccgggtgt gcggggacaa ggcatcaggc ttccactacg    360gagtccacgc ttgcgagggg tgcaagggct tcttccgccg gacaatccgc atgaagctgg    420agtacgagaa gtgtgagcgg atctgcaaga tccagaagaa gaaccgcaac aagtgccagt    480actgccgctt ccagaaatgc ctggcgctgg gcatgtctca caacgccatt cgctttggcc    540ggatgcccga ggcagagaaa aggaagctgg tggctgggct gacggcaaac gaggggagtc    600agcacaaccc gcaggtggct gacctgaagg ccttctccaa gcacctctac agcgcctacc    660tgaaaaactt caacatgacc aaaaagaagg cccgcgccat cctcaccggc aaggccagcc    720acacagcgcc ctttgtgatc cacgacatcg agacgttgtg gcaggccgag aagggcctgg    780tgtggaagca gctggtgaat ggcctgccgc cctacaagga gatcagcgtg cacgtcttct    840accgctgcca gtgcaccacg gtggagacgg tgcgcgagct gaccgagttc gccaagagca    900tccccagctt cgaccacctc ttcctcaacg accaggtgac ccttctcaag tacggcgtgc    960acgaggccat cttcgccatg ctggcctcca tcgtcaataa ggatgggctg ctggtggcca    1020acggcactgg ttttgtcacc cgcgagttcc tgcgcagcat ccgaaagccc ttcagtgaca    1080tcattgagcc caagtttgag ttcgctgtca agttcaatgc cctggaactc gatgatagtg    1140acctggctct cttcatcgca gccatcattc tgtgtggaga ccggccaggc ctcatgaacg    1200tgtcacaggt ggaggccatc caggacacca tcctgcgtgc cctcgagttc cacctgcagg    1260ccaaccaccc cgacgcccag tacctcttcc ccaagctgct gcagaagatg gcagacctgc    1320ggcagctggt caccgagcac gcccagatga tgcagcggat caagaagacc gagaccgaga    1380cctcgctgca ccccctgctc caggagatct acaaggacat gtactgaggg gtgcgccttg    1440ggcctcccaa caggcctccc ggagcaggtg gacggcgcgg ggacagacac tgcctgcggg    1500acgtttccgt tgaccagccc gagccctcag ccgagcagca ggtcacaggc tcagccagac    1560gcacggcctc ccactcctta tagccctgcc tcctctccct cctcagctcc cctctctctc    1620atctctttgc tctttctttt ccttcctctc tcagcctcgc tttctctctc cccatcctgt    1680ctgtccatct ttctcttcct gtgagacagt ttgtgttatt tcaccagcac caaaacaaga    1740ccgctgcttt gtcccctgct ccccggcccc ggagcaggag ggggcagggc ctgccctctg    1800caccaaccat cgccttctcc agtcttcaaa ggacacgcag gccatccaaa gaaacactaa    1860gctctccggg cctggcttac tggggaagcc acgcagggcc tgggctgagt gccgagcagc    1920cctagccaca gggtccctgg gggaggccgc ccacccgagg ctgaggctgg caccccatgg    1980ctgagcggac cccgctcctg cagcatgcct cagccccaca gacgcccacc cctcttttgt    2040ttttctttgc accagtcttc caggccagtg ccactgtgct ggctgctggc ggatgccccc    2100agcctggatg gaggtgggat tccctccagg tgggggcgcc cacaccccca ttgaagagga    2160gcatgcctca agggagcagt tggtagggaa ggcagtgggc agcagacttg attctgaccc    2220caggccttgg gtgggtcctc cctcagcacc ccactctctc cagcctctgc agcagccact    2280gagccctgcc cacgctgtgt cagcatcgca cctcccacct ccgcagcacc ccggcttggc    2340ctcagccacg cccttctttc tccagccggg cgacactggc tccagcccag ctgaagcgca    2400cactccctgg agcgcctcca gcacacgcag cacgagcact gaaatcactt tacctgcagg    2460ttccacaacc tcggcctccc tcctgaggca ggtggaccac agagctgtgc ccctgactcc    2520ccgggcgggc ggggagccct gctgccccag cccagcactg ctcgcagggg aggtacccag    2580gatgaactga tcccgctcac ttgtgacacc catttgttcc agcagctctg ctgccctccc    2640ctttccttgt gattggccca gccaggcacc tggagctctc cctgcaccgc ttctggtgac    2700cagggaccct gccaggc                                                   2717；(2)编码序列表中SEQ ID No：1的氨基酸，它由441个氨基酸残基组成，其序列如下所示：MEQPPEEAPE VREEEKKKEV AEAEGGPELN GEPEHSLPSS SCTDLSQSCS PPALLDQLQM    60GCDGASCGGL SMECRVCGDK ASGFHYGVHA CEGCKGFFRR TIRMKLEYEK CERICKIQKK    120NRNKCQYCRF QKCLALGMSH NAIRFGRMPE AEKRKLVAGL TANEGSQHNP QVADLKAFSK    180HLYSAYLKNF NMTKKKARAI LTGKASHTAP FVIHDIETLW QAEKGLVWKQ LVNGLPPYKE    240ISVHVFYRCQ CTTVETVREL TEFAKSIPSF DHFFLNDQVT LLKYGVHEAI FAMLASIVNK    300DGLLVANGTG FVTREFLRSI RKPFSDIIEP KFEFAVKFNA LELDDSDLAL FIAAIILCGD    360RPGLMNVSQV EAIQDTILRA LEFHLQANHP DAQYLFPKLL QKMADLRQLV TEHAQMMQRI    420KKTETETSLH PLLQEIYKDM Y                                              441；(3)与序列表中SEQ ID No：2限定的核苷酸序列具有90％以上同源性，且编码相同功能蛋白质的核苷酸序列；(4)在高严谨条件下可与序列表中的SEQ ID No：2限定的DNA序列杂交的核苷酸序列。