本发明属于水产养殖鱼类辅助育种技术领域,具体涉及一种与牙鲆黑化关联的SNP分子标记及其应用,SNP分子标记如下:(a)cAMP‑967‑G/A,位于牙鲆基因SEQ ID NO:1所示碱基序列的967bp位置,碱基G突变成A,苏氨酸变成异亮氨酸,和(b)cAMP‑1118‑C/T,位于牙鲆基因SEQ ID NO:1所示碱基序列的1118bp位置,碱基C突变成T,缬氨酸变成异亮氨酸。本发明从基因角度出发,筛选到与体色异常相关的SNP位点,并将上述位点运用在牙鲆育种工作中,从遗传角度根本性解决牙鲆体色异常的问题。