本发明提供了一种基于环境DNA的长江鲟引物、探针及检测方法,上游引物CJX‑12s‑F2核苷酸序列如SEQ ID No.1所示,下游引物CJX‑12s‑R2核苷酸序列如SEQ ID No.2所示,探针CJX‑P2:核苷酸序列如SEQ ID No.3所示。并建立了长江鲟的实时荧光PCR检测方法,达到精确鉴定长江鲟的目的。只需采集长江鲟生活的水域水样,既能应用在水体中长江鲟的定性检测上,特异性高、时效性好;又能定量检测出环境中长江鲟的密度,有利于反映出长江鲟在不同样点的生物量及时空动态,从而为长江禁渔大背景下长江鲟的人工放流效果评价和资源管理保护提供参考。