本发明公开了一种巫山淫羊藿及其易混物种的EST‑SSR分子鉴定方法,属于分子生物学技术领域的分子标记与药材鉴定。鉴定巫山淫羊藿及其易混物种的EST‑SSR引物组包括10对EST‑SSR核心引物和通用M13引物:SEQ ID NO:1、2……20、21。鉴定方法包括:①利用CTAB法提取样品总DNA;②以待测定样品总DNA为模板进行PCR扩增;③分析PCR扩增产物;④构建系统发育树。其应用是将巫山淫羊藿及其易混物种进行鉴别。本发明提供的10个SSR分子标记多态性好、特异性强、扩增结果稳定,能够实现对巫山淫羊藿及其易混物种进行快速准确鉴定,为淫羊藿药材质量标准的提升提供技术支持,有利于淫羊藿药材的开发利用。