本发明公开了一种水稻苗高基因的功能标记及应用，涉及水稻分子育种技术领域。本发明功能标记位于LOC_Os01g66100基因的第1外显子和第2外显子之间，存在379‑419bp的大片段插入缺失序列；所述LOC_Os01g66100基因序列如SEQ ID NO.1所示。该功能标记来自基因内的功能性基序，此类标记不需要进一步验证就可以在不同的遗传背景下或者不同的水稻种质资源中确定目标等位基因的有无。该功能标记与其他DNA分子标记相比具有很大的优势：如与目标基因共分离；带型与目标性状表现直接对应等，因此进一步提高分子育种的效率。
本发明公开了一种水稻金属转运基因OsNRAMP2及其应用。本发明首次证明了水稻OsNRAMP2基因是水稻镉转运和积累的功能基因，所述水稻OsNRAMP2基因碱基序列如SEQ ID NO.1所示。本发明通过试验证明水稻OsNRAMP2基因敲除可以显著降低水稻地上部分镉转移率，显著降低谷粒中的镉含量。这对于研究水稻镉积累遗传机制、多途径组合降低水稻谷粒镉含量等方面具有重要的价值。OsNRAMP2基因增量表达可以显著提高谷粒中的铁、锰、锌、铜含量。目前，金属转运基因的增量表达是否能够提高营养金属元素的含量很少有报道。因此，本发明为提高水稻谷粒营养金属元素提供了可以选择的候选基因，在提高作物营养金属元素方面具有较好的应用前景。
