本发明公开了一种西瓜果皮黄斑性状紧密连锁的SSR分子标记、检测方法及应用,属于分子标记技术领域。本发明公开的一种西瓜果皮黄斑性状紧密连锁的SSR分子标记,核苷酸序列为SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2;SEQ ID NO.1所示核苷酸序列与西瓜果皮无黄斑性状紧密连锁,SEQ ID NO.2所示核苷酸序列与西瓜果皮有黄斑性状紧密连锁。本发明已经开发的分子标记W072823与西瓜果皮黄斑性状紧密连锁,因而对西瓜果皮黄斑性状分子标记辅助育种体系的建立更有帮助。本发明的分子标记可以简便、快速、高通量地应用于西瓜育种实践。