本发明提供一种用于在对虾细胞中高效转录非编码RNA的启动子,所提供的启动子的核苷酸序列为SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2。本发明从南美白对虾基因组中筛选和克隆得到了候选启动子,利用VP28‑假型昆虫杆状病毒作为递送载体,以EGFP基因为靶基因,分别构建上述启动子驱动的RNAi VP28‑假型重组杆状病毒递送系统,比较和分析其在Sf9细胞和对虾血淋巴细胞中对shEGFP的驱动活性,发现两个启动子具有较高的转录活性,且在Sf9细胞中对EGFP的干扰效率分别为15%和8%,在对虾原代培养血淋巴细胞中可达19%和14%。本发明所提供的2个高效的对虾U6启动子为构建对虾细胞CRISPR/Cas9基因编辑体系奠定了技术基础。