本发明公开了一种与安义瓦灰鸡灰色羽性状相关的分子标记及其应用,属于基因工程技术领域,所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示,在第255位出现A/T碱基颠换。本发明通过分子标记选择的方法,发现与安义瓦灰鸡灰色羽性状相关的分子标记,由此选择AA基因型和TT基因型为亲本,两系杂交可以解决羽色分离的问题,彻底解决目前后代出现分离的情况;本发明还以目的位点为AA基因型安义瓦灰鸡与其他目的位点为TT成熟品系杂交,保证后代全部为AT基因型,表型则全部为灰色羽,本发明通过与其他优良性状鸡种杂交培育出外观符合瓦灰鸡外貌特征且性状优良的苗鸡,具有广泛且实际的应用价值。