本发明涉及基于线粒体NAD5基因序列的木霉属真菌种类鉴定引物及其应用。基于线粒体NAD5基因序列的木霉属真菌种类鉴定引物,包括上游引物核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,下游引物核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。本发明还涉及基于线粒体NAD5基因序列的DNA条形码的木霉属真菌快速种类鉴定方法。本发明首次发现不同株的木霉属真菌的线粒体NAD5基因序列均不相同,并以该序列为特征片段建立木霉菌的DNA条形码数据库,对木霉属真菌进行分类鉴定,该方法实验周期短,鉴定准确度高,克服了现有方法的局限性,显示了其准确、便捷、快速的优势。