本发明涉及基因编辑技术领域,尤其涉及一种VI‑B型CRISPR/Cas13基因编辑系统及其应用。本发明的VI‑B型CRISPR/Cas13基因编辑系统包括Lt1Cas13b蛋白和CRISPR RNA;所述Lt1Cas13b蛋白为RNA核酸内切酶,所述Lt1Cas13b蛋白具有SEQ ID NO:1所示的氨基酸序列,或与SEQ ID NO:1所示的氨基酸序列至少80%相同的氨基酸序列。本发明挖掘出一种新的VI‑B型CRISPR/Cas13基因编辑系统,可广泛应用于需要识别、结合及编辑原核生物或真核生物RNA的场景中,为RNA编辑工具提供了新的应用选择。