本发明提供一种与白菜型油菜株高和分枝角度紧密连锁的SSR分子标记及其应用。本发明利用EMS化学诱变的方法获得了新型的白菜型油菜突变体bgr‑JT,该突变体株型矮化且分枝紧凑。通过遗传群体、BSA及SSR标记分析,鉴定并获得与株高和分枝角度紧密连锁的分子标记。所述SSR分子标记位于白菜型油菜基因组A04:14035360bp~20192770bp区域,用于扩增SSR分子标记的引物如SEQ ID NO:1‑2所示。本发明首次提供与白菜型油菜株高和分枝角度紧密连锁的SSR分子标记,并开发了用于检测所述分子标记的引物,可实现白菜型油菜矮化分枝紧凑性状的早期选育,大大推进了油菜育种进程。