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[发明专利]串联质谱数据母离子检测模型训练方法及母离子检测方法-CN201410406562.6有效
发明人：邬龙;曾文锋;袁作飞;刘超;孟佳明;贺思敏 -专利权人：中国科学院计算技术研究所
申请日： 2014-08-18 - 公布日： 2014-12-17 - 主分类号： G01N30/88 文献下载
摘要：本发明提供一种串联质谱母离子检测模型训练方法，包括下列步骤：1)获取母离子已知的谱图数据集，对于其中每张二级谱图，确定该二级谱图的候选母离子；2)提取每个二级谱图-候选母离子组合的特征向量，并根据二级谱图和候选母离子配对正确与否进行相应的赋值；其中，特征向量的元素包括：同位素峰簇相似度、碎裂窗口内的谱峰强度比、色谱相似度和虚拟色谱相似度；3)将所有二级谱图-候选母离子组合的特征向量作为输入，将二级谱图和候选母离子配对正确与否的赋值作为输出，训练MARS模型，得到串联质谱母离子检测模型。本发明还提供了相应的母离子检测方法。本发明能够提高母离子召回率并提高母离子的检测速度。
串联数据离子检测模型训练方法

[发明专利]一种提高单同位素峰判断准确率的方法和系统-CN201010508217.5有效
发明人： 袁作飞;刘超;王海鹏;付岩;孙瑞祥;贺思敏 -专利权人：中国科学院计算技术研究所
申请日： 2010-10-15 - 公布日： 2012-05-09 - 主分类号： G01N33/68 文献下载
摘要：本发明公开了一种提高单同位素峰判断准确率的方法和系统。所述方法，包括下列步骤：根据选定的串联质谱，确定候选同位素峰簇；根据所述候选同位素峰簇的色谱流出曲线的相似度和强度比值，确定同位素峰簇的起止；根据所述同位素峰簇的起止，确定单同位素峰的质量；判断是否还有串联质谱没有确定单同位素峰，若是，则返回选择新的串联质谱，确定候选同位素峰簇，否则，结束。
一种提高同位素判断准确率方法系统

[发明专利]一种对字符串排序和查找的方法-CN200810227539.5无效
发明人：李由;贺思敏;付岩;袁作飞;迟浩;王海鹏;王乐珩;孙瑞祥 -专利权人：中国科学院计算技术研究所
申请日： 2008-11-28 - 公布日： 2010-06-23 - 主分类号： G06F17/30 文献下载
摘要：本发明提供一种对字符串进行排序的方法，包括：为所要排序的所有字符串中的字符分类，为一个类别的字符赋予一个数值，不同类别的字符所赋予的数值互不相同；结合各个字符所赋予的值，采用哥德尔编码方法对所要排序的各个字符串分别进行编码，一个字符串得到一个用数字表示的哥德尔编码值；对所要排序的所有字符串比较它们的哥德尔编码值，根据所述哥德尔编码值间的大小，对所述字符串做排序操作。本发明采用哥德尔编码方法将字符串映射成用浮点数表示的哥德尔编码值，然后通过对所述的哥德尔编码值的排序实现对字符串的排序，显著提高了排序效率。
一种字符串排序查找方法

[发明专利]一种规模化蛋白质鉴定中的索引加速方法及相应的系统-CN200810223683.1有效
发明人：李由;李德泉;王乐珩;迟浩;王海鹏;付岩;孙瑞祥;贺思敏;刘超;袁作飞;王文平;秀丽蕴 -专利权人：中国科学院计算技术研究所
申请日： 2008-10-07 - 公布日： 2010-05-26 - 主分类号： G06F19/00 文献下载
摘要：本发明提供一种规模化蛋白质鉴定中的索引加速方法，包括：为肽序列设定质量区间；为计数窗口设定大小，并结合质量区间设定计数窗口的数目以及各个计数窗口的范围；对蛋白质数据库做模拟酶切，根据模拟酶切所得到的肽序列的质量计算肽序列在各个计数窗口内的数量；根据计算机内存的大小得到在计算机内存中一次可处理的肽序列的数量，结合肽序列在各个计数窗口内的数量，得到在计算机内存中一次处理的肽序列的质量范围段；对蛋白质数据库做模拟酶切，将所得到的在一个质量范围段内的肽序列保存在计算机内存中，并在计算机内存中完成对所保存肽序列的排序、去冗余以及建立词典和倒排表的操作；为每个质量范围段建立词典和倒排表。
一种规模化蛋白质鉴定中的索引加速方法相应系统