本发明涉及一种肠道几丁质膜缺失型斑马鱼品系的制备及其应用。本发明通过敲除chs1基因获得了一种肠道几丁质膜完全缺失的斑马鱼品系;敲除斑马鱼chs1基因的基于CRISPR/Cas9的sgRNA的核苷酸序列如SEQ ID NO:18所示,针对chs1基因的靶位点的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示。本发明的几丁质膜缺失型斑马鱼品系可用于肠道几丁质膜研究,可用于肠道消化与吸收的研究,可用于肠道菌群研究,可用于肠道上皮更新与衰老的研究,可用于肠道免疫功能研究,也可用于研究包括但不限于病原微生物、微塑料和重金属在内等有害物质对肠道的伤害机制,也可作为理想的小肠模型研究哺乳动物小肠疾病。