本发明公开了一种药品质量控制中常见产毒真菌的特征序列鉴定方法,采用的特征序列为ITS和LSU,它们的扩增引物对序列分别如SEQ ID NO.1~SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3~SEQ ID NO.4所示。本发明采用的特征序列长度适中,符合特征序列的长度要求;通用性好,可以适用于常见产毒真菌;区分度强,能有效区分真菌在“属”或“种”水平的序列差异;准确性高,两段特征序列不仅可以分别用于真菌鉴定,同时两段特征序列联用的方式还可以进一步提高菌株的鉴定水平,结果稳定可靠。综上所述,本发明提供常见产毒真菌的特征序列鉴定方法为药品质量控制提供了有效且适用范围广的真菌鉴定方法。