本发明涉及一种水稻糊粉层特异表达启动子pNFYA1及其应用,其中水稻糊粉层特异表达启动子pNFYA1的片段大小为1965bp,DNA序列见序列表SEQ ID No:1。本发明提供的水稻糊粉层特异表达启动子pNFYA1在淀粉胚乳中表达很低,在糊粉层区域则表现为高表达,并且该水稻糊粉层特异表达启动子只在种子灌浆期和萌发期的胚乳糊粉层中特异表达,可以更加有效地针对水稻进行品种改良,为稻米品质改善提供便捷途径,另外该启动子的特性还可作为种子筛选标记,通过对萌发后的种子进行染色分析,从而区分转基因和非转基因。