本发明提供了一种与水稻抽穗扬花期耐热性相关的InDel分子标记及其引物和应用,属于分子标记技术领域。与水稻抽穗扬花期耐热性相关的InDel分子标记,位于水稻第9号染色体上,插入或缺失片段的核苷酸序列如序列表SEQ ID No.1所示。用于扩增InDel分子标记的引物对,核苷酸序列如SEQ ID No.2~3所示。用于检测水稻抽穗扬花期耐热性的试剂盒,包括所述的引物对。所述InDel分子标记、引物对或试剂盒在预测、鉴定或辅助鉴定水稻抽穗扬花期耐热性表型或在选育水稻耐热品种中应用。同时本发明还提供了利用所述InDel分子标记鉴定水稻耐热性的方法,简便快捷,鉴定结果准确,具有良好的推广应用前景。