本发明公开了一种重组融合蛋白PACAP-PTD及其表达方法和应用。本发明重组融合蛋白PACAP-PTD的氨基酸序列如SEQ ID NO:1所示,编码该蛋白的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示。本发明重组融合蛋白PACAP-PTD既具有PACAP的生物学活性,又将PTD的跨细胞屏障运输的功能赋予PACAP,使其具备穿越细胞屏障运输的功能,能有效穿越血脑屏障、角膜、气血屏障、血睾屏障和内皮与粘膜组织等,极大地提高了PACAP-PTD在脑部、眼部、肺部、生殖器等部位的相关疾病中的应用价值,可以改善其用药途径,扩大其应用范围。