本发明公开了一种编码福康普酶的基因及其应用。该编码福康普酶的基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。含有该基因的宿主菌株为BL21(DE3)/FK2PmtPA,其保藏编号为CCTCC NO:M 209139。该宿主菌株经过诱导,可高效表达重组突变tPA蛋白,表达量占到细胞蛋白总量的25%以上。产生的重组tPA蛋白,具有分子量小、稳定性好;体内活性高,可达4×104IU/mg;半衰期长,达18-20分钟;特异性强使用安全等优点。该菌株遗传稳定性好,可连续传代30代;生产能力强,生产FK2PmtPA蛋白水平达到800mg/L以上。