本发明实施例涉及分子育种领域，具体涉及重组核苷酸片段RecS5‑1和RecS5‑2及其检测引物与应用。本发明实施例提供的重组核苷酸片段，其选自：包含SEQ ID NO.1所示序列38‑573位核苷酸的序列，或其互补序列；包含SEQ ID NO.1所示序列，或其互补序列；包含SEQ ID NO.2所示序列255‑282位核苷酸的序列，或其互补序列；包含SEQ ID NO.2所示序列，或其互补序列；以及以上片段的组合。所述重组核苷酸片段可以作为主效基因的特异识别标记，运用于分子标记选择育种；并可作为特异分子识别标记，用于鉴定广亲和水稻材料。
本发明涉及植物基因工程技术领域。具体涉及水稻S5位点杂种胚囊育性基因ORF3的分离克隆、功能验证及在水稻品种改良中的应用。ORF3编码Hsp70类蛋白，参与细胞蛋白质折叠和转移、胁迫信号转导等功能。该基因的不同等位基因在编码区有一个13bp的插入/缺失变异，且显性等位基因ORF3+比隐性等位基因ORF3-多13bp。ORF3-等位基因的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，ORF3+等位基因的核苷酸序列如SEQ ID NO：3所示。在S5籼/粳杂合的水稻杂种中显性的ORF3+等位基因可以保护雌配子，从而提高籼粳杂交水稻的结实率，对水稻籼粳亚种间杂种优势利用具有重要意义。
