本发明公开了一种翘嘴鳜雄性特异抗缪勒氏管激素AMHY基因组序列及其构建方法,以及翘嘴鳜雄性特异抗缪勒氏管激素AMHY基因及其编码蛋白。其中AMHY基因组序列如SEQ ID NO:1所示,AMHY基因序列如SEQ ID NO:4所示,其编码蛋白序列如SEQ ID NO:5所示,还公开了基于翘嘴鳜AMHY基因的雄性分子标记引物以及翘嘴鳜鱼性别鉴定的方法和上述AMHY基因、编码蛋白以及雄性分子标记引物在翘嘴鳜鱼全雌性育种方面的应用,其中雄性分子标记引物的序列如SEQ ID NO:6所示和SEQ ID NO:7所示,该雄性分子标记引物可实现翘嘴鳜性别的快速准确鉴定。该性别鉴定方法简短,效率高。