本申请公开了能耐受高浓度壳寡糖的马克斯克鲁维酵母基因工程菌及其制备方法和应用。在所述的马克斯克鲁维酵母菌中克隆有壳聚糖酶基因ChiA;所述的壳聚糖酶基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。使用本申请所提供的耐受壳寡糖的马克斯克鲁维酵母基因工程菌,以发酵方法制备壳寡糖,该方法不仅简单可行,避免了壳聚糖酶分离纯化过程中的酶活损失和成本的浪费;还能够合成特定聚合度的壳寡糖,且转化效率较高;该工程菌以食品级马克斯克鲁维酵母作为生产菌株,不仅安全可靠,更为工业化绿色生产壳寡糖提供了有效的参考与借鉴,为高效制备壳寡糖提供了一种新的方法和有效途径。