本发明公开了一种与小麦籽粒阿魏酰阿拉伯木聚糖含量相关的分子标记。本发明提供了用于鉴定小麦籽粒阿魏酰阿拉伯木聚糖含量的成套引物,由引物对1和引物对2组成;所述引物对1由SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所示的单链DNA组成;所述引物对2由SEQ ID No.3和SEQ ID No.4所示的单链DNA组成。本发明的分子标记能快速鉴定TaBahd‑A1a和TaBahd‑A1b等位变异及其与小麦FAX含量的相关关系,并筛选出具有较高FAX含量的小麦品种,不仅加速了优质小麦新品种的育成步伐,而且对利用分子标记辅助选择高FAX含量小麦品种具有重要的理论意义和经济价值。