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[发明专利]一种NGS试剂盒肿瘤突变负荷检测性能的评估方法及装置-CN202310955291.9在审
发明人：应建明;张繁霜;李文斌;凌少平;郝伶童;李心正 -专利权人：中国医学科学院肿瘤医院;志诺维思（北京）基因科技有限公司
申请日： 2023-07-31 - 公布日： 2023-09-15 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明公开了一种NGS试剂盒肿瘤突变负荷检测性能的评估方法及装置，涉及生信分析领域。本发明通过采用TMB参考品与真实样品，形成了一套具有高置信度的标准数据集的方法。在此基础上，按照设定的评估流程及方法，实现了TMB评估体系的构建，基于参考品和临床样品可以进行NGS试剂盒的变异探测准确度的分析与TMB检测评估。该评估方法可以满足市面上广泛的NGS检测试剂盒的变异探测准确度的分析与TMB检测评估，可以为患者提供一个可靠准确的肿瘤大Panel检测。
一种 ngs 试剂盒肿瘤突变负荷检测性能评估方法装置

[发明专利]病理数据处理方法、装置及电子设备-CN201910822446.5有效
发明人：马素芬;魏博;李力行;凌少平 -专利权人： 志诺维思（北京）基因科技有限公司
申请日： 2019-08-30 - 公布日： 2022-06-03 - 主分类号： G16H15/00 文献下载
摘要：本申请提供了一种病理数据处理方法、装置及电子设备，其中，该病理数据处理方法包括：获取多份待处理病理报告；将多份待处理病理报告进行结构化处理，得到多条病理语料数据；将多条病理语料数据进行向量转换，得到多份待处理病理报告的病理矩阵；将病理矩阵进行降维处理，确定出多份待处理病理报告对应的病理表征矩阵，病理表征矩阵中的每一行向量表示一份待处理病理报告的表征向量。
病理数据处理方法装置电子设备

[发明专利]基于病理图像的细胞探测方法、装置、设备及存储介质-CN202111085582.4在审
发明人：高楠楠;王华;刘昌灵;张亚军;凌少平 -专利权人： 志诺维思（北京）基因科技有限公司
申请日： 2021-09-16 - 公布日： 2021-12-10 - 主分类号： G06T7/00 文献下载
摘要：本申请提供了一种基于病理图像的细胞探测方法、装置、设备及存储介质，其中，该方法包括：获取若干已添加标注的病理图像；使用各病理图像对预先构建的细胞探测模型进行训练并评估，得到合格的细胞探测模型；使用合格的细胞探测模型获取待处理病理图像的中心点膨胀图像；对中心点膨胀图像进行斑点检测处理，得到中心点膨胀图像中各中心点膨胀区域的中心点像素位置；对各中心点膨胀区域组内中心点像素位置的数量进行统计，得到待处理病理图像中各细胞类别下细胞的数量；通过上述方法，有利于在降低人力负担的同时提高不同类别细胞的定位效率和计数效率。
基于病理图像细胞探测方法装置设备存储介质

[发明专利]一种病理知识图谱的构建方法及装置-CN202111021649.8在审
发明人：骆佳俊;马可;许永超;李力行;凌少平;马振华;贾红丽 -专利权人： 志诺维思（北京）基因科技有限公司
申请日： 2021-09-01 - 公布日： 2021-12-03 - 主分类号： G06F16/36 文献下载
摘要：本申请提供了一种病理知识图谱的构建方法及装置，包括根据不同语料来源的医疗文本数据，创建病理数据知识库，病理数据知识库包括疾病类实体对和用于表征疾病类实体对中的两个疾病实体之间关联的第一实体关系；基于医学数据，根据预设医学规则，创建医学规则知识库，医学规则知识库包括解读类实体对和用于表征解读类实体对中的两个解读实体之间关联的第二实体关系；确定疾病类实体对与解读类实体对中的等价类实体；基于等价类实体，将病理数据知识库和医学规则知识库融合为目标知识库；基于目标知识库形成目标病理知识图谱以进行存储。
一种病理知识图谱构建方法装置

[发明专利]细胞分割方法、装置及可读存储介质-CN201910506460.4有效
发明人：冯晋嘉;刘小晴;何可名;刘昌灵;凌少平 -专利权人： 志诺维思（北京）基因科技有限公司
申请日： 2019-06-12 - 公布日： 2021-09-10 - 主分类号： G06T7/11 文献下载
摘要：本申请实施例提供一种细胞分割方法、装置及可读存储介质，通过从初始病理染色图像中分离出DAB通道灰度图像和苏木精通道灰度图像，并根据DAB通道灰度图像对苏木精通道灰度图像进行图像处理，得到处理后的苏木精通道灰度图像，最后对处理后的苏木精通道灰度图像进行细胞分割，得到对应的细胞分割图像。如此，能够针对无标注的病理染色图像进行细胞分割，避免人工收集训练数据集的工作量，有效解决了无法对多细胞区域的单个细胞进行分割的问题，进而提高了细胞分割效果。
细胞分割方法装置可读存储介质

[发明专利]数字病理图像的配准方法和装置-CN202110645136.8在审
发明人：李林峰;刘昌灵;冯晋嘉;凌少平 -专利权人： 志诺维思（北京）基因科技有限公司
申请日： 2021-06-09 - 公布日： 2021-08-17 - 主分类号： G06T7/30 文献下载
摘要：本发明提供了数字病理图像的配准方法和装置，包括：获取目标图像和源图像；将目标图像和源图像分别进行降采样处理，得到降采样的目标图像和降采样的源图像；将降采样的目标图像和降采样的源图像分别进行预处理，得到源图像分割图和目标图像分割图；根据源图像分割图和目标图像分割图，计算目标角度；将降采样的源图像以目标角度进行旋转，得到旋转后的降采样源图像；将旋转后的降采样源图像和降采样的目标图像进行配准，得到形变场矩阵；将源图像根据目标角度和形变场矩阵进行配准，得到目标配准图像。本申请通过下采样的方法对病理图像进行处理，缩短了病理切片图像的配准时间；实现对于大尺寸的病理图像配准的结果，提高了配准精度和鲁棒性。
数字病理图像方法装置

[发明专利]配准方法、装置、电子设备和计算机可读存储介质-CN201910971257.4在审
发明人：刘昌灵;李林峰;何可名;张军杰;凌少平 -专利权人： 志诺维思（北京）基因科技有限公司
申请日： 2019-10-14 - 公布日： 2021-04-30 - 主分类号： G06T7/33 文献下载
摘要：本发明实施例提出一种配准方法、装置、电子设备和计算机可读存储介质，涉及图像处理技术领域。方法包括获取病理切片染色图像的原图和病理切片染色图像的目标图，并使用光流法，按照设定规则对所述病理切片染色图像的原图和所述病理切片染色图像的目标图进行配准。从而提高病理切片染色图像配准的准确性。
方法装置电子设备计算机可读存储介质

[发明专利]一种细胞计数方法、装置、计算机设备及可读存储介质-CN202011427461.9在审
发明人：高楠楠;刘小晴;刘昌灵;张亚军;凌少平 -专利权人： 志诺维思（北京）基因科技有限公司
申请日： 2020-12-07 - 公布日： 2021-03-12 - 主分类号： G06T7/00 文献下载
摘要：本申请提供了一种细胞计数方法、装置、计算机设备及可读存储介质，将第一细胞染色图像输入至训练好的颜色分离模型中，获取第一细胞染色图像对应不同细胞类别的多张二值图像；其中，二值图像中包括多个第一连通量；确定二值图像对应的距离图像包括的多个峰值点，以及每个第一连通量包括的峰值点个数；对选取的包括多个峰值点的第二连通量进行分割处理，确定第二连通量中包括的细胞个数；基于第二连通量中包括的细胞个数，以及二值图像对应的细胞类别，确定该细胞类别对应的细胞总数。通过对细胞染色图像进行分析处理，确定图像中各细胞类别对应的数量，并基于各细胞类别的细胞对该细胞染色图像进行分析，从而能够提高对于图像分析判读的效率。
一种细胞计数方法装置计算机设备可读存储介质

[发明专利]一种探测单核苷酸突变的方法及装置-CN201811475083.4有效
发明人：凌少平;张忠波;尹龙辉;曹丽华;郝伶童;刘昌灵;徐昭 -专利权人： 志诺维思（北京）基因科技有限公司
申请日： 2018-12-04 - 公布日： 2021-02-19 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明实施例公开了一种探测单核苷酸突变的方法及装置。探测单核苷酸突变的方法，包括以下步骤：步骤(11)将待测样本的测序数据和参考序列进行比对，得到第一比对结果；步骤(12)提取第一比对结果中的单核苷酸突变的特征向量，得到第一特征向量集合；步骤(13)根据所述第一特征向量集合利用机器学习模型探测所述待测样本的单核苷酸突变的位点。本发明实施例提供的探测单核苷酸突变的方法及装置运行效率高，并且通过使用机器学习的方法提高了探测单核苷酸突变的精度。
一种探测核苷酸突变方法装置

[发明专利]一种探测基因组小片段插入缺失的方法及装置-CN201811476138.3有效
发明人：凌少平;张忠波;尹龙辉;曹丽华;郝伶童;刘昌灵;徐昭 -专利权人： 志诺维思（北京）基因科技有限公司
申请日： 2018-12-04 - 公布日： 2021-02-19 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明实施例公开了一种探测基因组小片段插入缺失的方法及装置。探测基因组小片段插入缺失的方法，包括以下步骤：步骤(11)将待测样本的测序数据和参考序列进行比对，得到第一比对结果；步骤(12)提取第一比对结果中的小片段插入缺失的特征向量，得到第一特征向量集合；步骤(13)根据所述第一特征向量集合利用机器学习模型探测所述待测样本的小片段插入缺失的位点。本发明实施例提供的探测基因组小片段插入缺失的方法及装置运行效率高，并且通过使用机器学习的方法提高了探测单核苷酸突变的精度。
一种探测基因组片段插入缺失方法装置

[发明专利]一种肿瘤专病数据库构建系统、方法、电子设备和介质-CN202011026999.9在审
发明人：许永超;魏博;马素芬;骆佳俊;李力行;凌少平 -专利权人： 志诺维思（北京）基因科技有限公司
申请日： 2020-09-25 - 公布日： 2021-01-05 - 主分类号： G16H50/70 文献下载
摘要：本申请提供了一种肿瘤专病数据库构建系统、方法、电子设备和介质，其中，该系统包括：数据拆分模块，用于将原始肿瘤专病病理文本拆分为基础文本信息和待结构化提取的文本信息；数据预处理模块；模型预测模块，用于对预处理后的文本信息进行预测；字典标注模块，用于对预处理后的文本信息进行字典标注；数据合并模块，用于对预测结果和字典标注结果进行数据合并；数据封装模块，用于将数据合并后的文本信息与基础文本信息进行数据封装；指标归一化模块，用于得到结构化病理文本；结构化数据存储模块，用于生成肿瘤专病数据库，可以提供病理文本结构化处理系统框架，深度考虑病理医生的需求而开发，深度契合病理科医生的生产和科研需求。
一种肿瘤数据库构建系统方法电子设备介质

[发明专利]一种基于LCS和TF-IDF的相似字符串确定方法及装置-CN202011027205.0在审
发明人：马素芬;魏博;骆佳俊;许永超;李力行;凌少平 -专利权人： 志诺维思（北京）基因科技有限公司
申请日： 2020-09-25 - 公布日： 2021-01-05 - 主分类号： G16H50/70 文献下载
摘要：本申请提供了一种基于LCS和TF‑IDF的相似字符串确定方法及装置，其中，该方法包括：计算同义词字典中各同义词的TF‑IDF值；从同义词字典中查找待归一的字符串对应的标准写法信息；若未查找到，则计算该字符串与相应同义词的最长公共子序列长度和距离以及非公共子序列中包含的所有字符的TF‑IDF值总和；对相应同义词按照最长公共子序列长度降序排列得到第一排序结果，对第一排序结果按照最长公共子序列距离和TF‑IDF值总和的和升序排列得到第二排序结果，返回第二排序结果中第一个字符串对应的目标标准写法信息；基于待归一的字符串和目标标准写法信息，确定待归一的字符串的相似字符串，可对结构化数据进行归一推理，取得了较好的结果，有利于下一步数据分析、挖掘。
一种基于 lcs tf idf 相似字符串确定方法装置

[发明专利]一种医疗病理报告图片的文本结构化处理系统和方法-CN202011029211.X在审
发明人：骆佳俊;魏博;马素芬;许永超;李力行;凌少平 -专利权人： 志诺维思（北京）基因科技有限公司
申请日： 2020-09-27 - 公布日： 2021-01-05 - 主分类号： G16H30/20 文献下载
摘要：本申请提供了一种医疗病理报告图片的文本结构化处理系统和方法，其中，该系统包括：文本识别模块，用于对医疗病理报告图片进行文本识别，并对识别出的字词进行纠错处理，得到病理文本；文本切割模块，用于将病理文本切割为结构化文本和非结构化文本；字典匹配模块和模型预测模块，用于确定第一和第二医疗指标名实体数据结构；策略融合模块，用于对其进行融合得到医疗指标名实体；数据封装模块，用于封装医疗指标名实体和结构化文本；策略归一化模块，用于对封装结果进行策略归一化处理和推理，得到医疗病理报告图片的结构化文本。本申请可提高图文识别的准确率，在医疗病理信息系统中更加方便快捷的实现了数据抽取、结构化、存储等多个业务需求。
一种医疗病理报告图片文本结构处理系统方法

[发明专利]染色图片处理方法及装置-CN201810720913.9有效
发明人：刘小晴;刘昌灵;张军杰;凌少平 -专利权人： 志诺维思（北京）基因科技有限公司
申请日： 2018-06-29 - 公布日： 2020-10-16 - 主分类号： G06T7/00 文献下载
摘要：本发明实施例提供了一种染色图片处理方法及装置，涉及染色图片处理技术领域。应用于一电子设备，所述方法包括：获取待拆分染色图片；将所述待拆分染色图片输入到预先训练完成的生成器中，输出多通道图片。相较已有方法更有效。
染色图片处理方法装置

[发明专利]一种DNA复杂结构变异探测方法-CN201711296025.0有效
发明人：张忠波;郝伶童;尹龙辉;曹丽华;凌少平 -专利权人： 志诺维思（北京）基因科技有限公司
申请日： 2017-12-08 - 公布日： 2020-09-29 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明公开了一种DNA复杂结构变异探测方法，设计了16种染色体结构变异类型，并针对每种变异类型，设计了对应的判断模型。本发明直接在测序数据比对文件中获取比对信息，与现有技术相比，省去了序列重新拼接和重新比对部分，可以快速完成DNA复杂结构变异探测,节省了时间成本。同时由于推断变异类型所需信息在比对中已经充分获取，避免了传统流程中再次比对信息获取不全及获取错误信息的问题，提高了染色体结构变异探测精度。
一种 dna 复杂结构变异探测方法

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