本发明公开了一种基于NGS的实验恒河猴STR遗传标记组合、引物组、试剂盒及其应用。所述实验恒河猴STR遗传标记组合具体为:D10S611、D11S2002、D13S765、D15S823、D18S537、D1S548、D3S1768、D4S2365、D5S1457、D6S1691、D6S2741、D6S276、D6S2883、D6S291、D6S2972、D6S501、D7S794、D8S1106和D9S921。所述引物组的核苷酸序列如SEQ ID NO:1~38所示。本发明的方案结果准确,可快速、高通量、简便的进行实验恒河猴的个体识别、谱系鉴定和亲缘鉴定。