本发明提供了一种水稻粒形主效QTL的InDel分子标记GS9‑InDel及其检测引物和应用，属于水稻育种技术领域。GS9‑InDel的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示，其中存在连续的3或4个重复序列(GTCTC)。本发明还提供了用于检测GS9‑InDel的引物1对。对日本晴、9311等15个亲本材料进行测序鉴定分析，在GS9基因正向‑2位点处插入一段GTCTC序列，基因中包含的重复序列由3次重复变成4次重复。当GS9基因包含4次重复序列时，水稻籽粒为细长粒，当GS9基因包含3次重复序列时，水稻籽粒为短圆粒。因此，该GS9‑InDel可提高水稻粒形鉴定的选育效率、加快育种研究进展。
本发明涉及水稻雄性不育基因OsFIGNL1及其应用。基因OsFIGNL1的核苷酸序列如SEQ ID N01所示。通过60Co‑γ诱变获得一个OsFIGNL1功能缺失突变体，该突变体在大田种植环境中表现出植株营养生长正常，植株雄性不育，花粉100％碘败，雌配子发育不受影响。减数分裂压片显示，由于OsFIGNL1功能缺失严重影响了减数分裂过程中染色体的行为，最终导致小孢子发育缺陷。该突变体可应用于水稻杂种优势新品种的培育。基因OsFIGNL1今后可作为一个水稻减数分裂调控的功能基因应用于水稻杂种优势创制工作中，具有巨大的开发利用价值，市场应用前景广阔。
