本发明公开了一种鉴定青鱼遗传性别的分子标记及其应用,属于水产动物遗传育种领域。该分子标记包括核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示的青鱼雌雄鱼共有条带和核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示的青鱼雄鱼特有条带,鉴定方法包括:以待鉴定青鱼样品的DNA为模板进行PCR扩增,PCR产物经琼脂糖电泳确定有条带后进行毛细管电泳,若在152bp和168bp处同时出现信号时,则为雄性;若仅在168bp处出现信号时,则为雌性。本发明的分子标记能准确获得不同青鱼群体的遗传性别,具有简便、快捷、高效、不受早期青鱼性腺未分化的影响等优势,用于青鱼标记辅助育种大大节约养殖成本,提高育种效率。