本发明涉及一种微小隐孢子虫的CTL表位多肽,该多肽的氨基酸序列如SEQ ID NO.1所示。还提供码所述微小隐孢子虫的CTL表位多肽的核酸,所述核酸的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。本发明微小隐孢子虫的CTL表位多肽P1,与H‑2Kb分子或HLA‑A*0201分子分别有很好的亲和力,说明具有相应的免疫学功能。为制备微小隐孢子虫疫苗提供一种新的方向,且该多肽在C57BL/6N小鼠脾细胞中多肽特异性CTL免疫反应中展现出优异的刺激性反应,在微小隐孢子虫特异性免疫治疗领域有着巨大的开发应用潜力。