本发明涉及一种与蛋鸭产蛋性能相关的分子标记及其在育种中的应用,属于分子标记技术领域,该分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,在该序列中的第108位点处存在一处CT突变,该位点与鸭开产日龄、34周龄产蛋量及72周龄产蛋量存在显著相关,TT基因型的开产日龄显著低于CC和CT基因型,TT基因型的34周龄产蛋量显著高于CC基因型,TT基因型的72周龄产蛋量显著高于CC和CT基因型,通过PCR扩增及产物测序分型,选择TT基因型鸭。本发明实现了对鸭产蛋性状进行早期选育,为蛋用型鸭育种工作提供有力的帮助。