本发明提供了一种微生物发酵转化生产甘草次酸的方法,其中,包括以下步骤:将黄曲霉Aspergillus flavus,CGMCC No 5144接入固体PDA斜面培养基中培养,然后从斜面上按1%的接种量接种至含新鲜种子培养基中进行培养;将种子培养基所得菌株按照30%的接种量接种至含新鲜发酵培养基的发酵罐中进行发酵培养,得到含甘草次酸的发酵液;采用膜分离联用工艺从发酵液中分离出甘草次酸粗品,再通过纯化工艺得到高纯甘草次酸。通过本发明最后获得甘草次酸的发酵量达到4.38g/L,产品纯度≥98%、转化率≥90%,达到了工艺规模化水平。