本发明提供了一种真菌孢子损伤鉴定的方法，该方法包括真菌孢子细胞膜损伤鉴定，还包括真菌孢子DNA损伤鉴定。该方法使用SYBR Green I荧光染料进行两次染色并结合碘化丙啶进行染色，在SYBR Green I染色时加入EDTA；在消毒剂处理后，加入硫代硫酸钠淬灭消毒剂；采用流式细胞仪用于定量分析真菌孢子细胞膜的损伤程度和真菌孢子DNA的损伤程度。本发明的真菌孢子损伤鉴定的方法，除了能够鉴定真菌孢子的细胞膜损伤，还能够鉴定真菌孢子的DNA损伤鉴定，该方法采用了流式细胞仪，能够对真菌孢子损伤进行定量分析，实现了对水源的微生物消毒效果作出精准全面地评价。
