本发明公开了一种褐藻胶裂解酶,其氨基酸序列如SEQ ID NO:1所示。编码该褐藻胶裂解酶的基因,其核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示。所述褐藻胶裂解酶在降解褐藻胶或海藻酸钠中的应用,在制备褐藻寡糖中的应用。本法发明还公开了一种制备褐藻寡糖的方法:采用褐藻胶裂解酶降解褐藻胶制备褐藻寡糖,最适反应pH为9.0,最适反应温度为60℃,反应时间2 h,所得褐藻寡糖的聚合度为2~4。本发明的褐藻胶裂解酶,可以在温和的条件下裂解褐藻胶或海藻酸钠,酶活性高,且具有较好的温度稳定性,相较于已报道的褐藻胶裂解酶,可在底物溶解性较好的高温下进行反应,可高效降解褐藻胶制备褐藻寡糖。