[发明专利]一种拷贝数变异的检测方法在审

专利信息
申请号: 201810685549.7 申请日: 2018-06-28
公开(公告)号: CN110656159A 公开(公告)日: 2020-01-07
发明(设计)人: 严海生;郭健;丁利杰 申请(专利权)人: 深圳华大生命科学研究院
主分类号: C12Q1/6851 分类号: C12Q1/6851;C12Q1/6813
代理公司: 11245 北京纪凯知识产权代理有限公司 代理人: 关畅;张立娜
地址: 518083 广东*** 国省代码: 广东;44
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摘要: 发明公开了一种拷贝数变异的检测方法。该方法包括杂交和连接(同时进行)、定量PCR检测两个步骤。杂交是指探针和DNA单链靶序列通过互补配对进行结合,所述探针为上游探针和下游探针,上游探针5’端为通用序列,3’端为与靶向序列互补的序列,下游探针5’端为与靶向序列互补的序列,3’端为通用序列;连接是利用特异性DNA连接酶将杂交后相邻的两段探针连接成一条完整的核酸单链;定量PCR利用两对通用引物进行,然后根据CT值计算出原始DNA的拷贝数目。本发明方法可实现拷贝数变异的检测。该方法简单、无局限性、成本低、特异性极高,且引物可以通用,可实现大规模检测。
搜索关键词: 探针 靶向序列 通用序列 下游探针 杂交 拷贝数 检测 定量PCR检测 特异性DNA 核酸单链 互补配对 探针连接 通用引物 定量PCR 原始DNA 上游 靶序列 连接酶 拷贝 两段 性极 引物 通用
【主权项】:
1.一种对待测DNA样本中靶标片段的拷贝数进行相对定量的方法,包括如下步骤:/n(a)根据内参片段和靶标片段设计合成内参探针和检测探针;/n所述内参探针为两段断开的短单链核苷酸序列,一段命名为内参上游探针,另一段命名为内参下游探针;所述内参上游探针含位于5’端的通用序列I和位于3’端的能够与所述内参片段完全互补配对的特异性序列I;所述内参下游探针含位于5’端的能够与所述内参片段完全互补配对的特异性序列II和位于3’端的通用序列II的反向互补序列;所述通用序列I和所述通用序列II两者序列不相同,无互补序列;/n所述检测探针为两段断开的短单链核苷酸序列,一段命名为检测上游探针,另一段命名为检测下游探针;所述检测上游探针含位于5’端的通用序列III和位于3’端的能够与所述靶标片段完全互补配对的特异性序列III;所述检测下游探针含位于5’端的能够与所述靶标片段完全互补配对的特异性序列IV和位于3’端的通用序列IV的反向互补序列;所述通用序列III和所述通用序列IV两者序列不相同,无互补序列;/n(b)将所述内参探针和所述检测探针分别对待测DNA样本和参照DNA样本进行杂交,并使用特异性DNA连接酶将完全杂交的相邻探针连接起来,形成完整的DNA链,得到杂交连接产物;/n所述特异性DNA连接酶具有如下特性:只有当靶序列与探针中的特异性序列完全互补,所述特异性DNA连接酶才能将两段杂交后相邻的探针连接成一条完整的核酸单链;反之,如果靶序列与探针中的特异性序列不完全互补,连接反应无法进行;/n(c)分别采用内参引物对和检测引物对对所述杂交连接产物进行同条件下的实时荧光定量PCR检测;所述内参引物对由序列分别如所述通用序列I和所述通用序列II所示的两条单链DNA组成;所述检测引物对由序列分别如所述通用序列III和所述通用序列IV所示的两条单链DNA组成;然后根据CT值对所述待测DNA样本中所述靶标片段进行相对拷贝数计算。/n
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