本发明公开了ZmECT2蛋白及其编码基因在调控玉米籽粒品质中的应用。本发明提供了ZmECT2蛋白或其相关生物材料(表达ZmECT2蛋白的核酸分子或含所述核酸分子的表达盒、重组载体、重组微生物或转基因细胞系)的下述应用;调控植物质粒品质、调控植物籽粒蛋白含量和/或淀粉含量;所述ZmECT2蛋白为SEQ ID No.1或将其经过一个或几个氨基酸的取代、缺失和/或添加或与其相比具80%以上同一性且源于水稻具相同功能的蛋白或在其N端和/或C端连接标签后所得融合蛋白。本发明ZmECT2可以调控植物籽粒品质,包括调控籽粒蛋白含量和淀粉含量。本发明对于通过遗传育种和基因工程方法利用该基因资源有效地调控植物籽粒品质具有重要的应用价值。