本发明公开了一种用于检测冠突散囊菌的荧光定量PCR试剂盒及其应用,属于微生物菌种检测技术领域。该试剂盒包括上游引物和下游引物;所述上游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示;所述下游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示。采用本发明的检测方法相比于其他检测方法具有明显优势。传统的微生物学分离培养存在程序繁琐、检测周期长等问题,但本发明建立的冠突散囊菌的荧光定量PCR检测方法特异性好、灵敏度高、结果准确,并且可以很好的区分冠突散囊菌;而且该方法操作简单、快速,在普通的分子实验室均可以进行,在微生物快速检测的市场背景下,本发明具有重要意义。