[发明专利]一种小分子-DNA相互作用图谱测序方法以及试剂盒

权利要求书

1.一种小分子-DNA相互作用图谱测序方法，其特征在于，包括以下步骤：

(1)利用叠氮基团修饰后的小分子化合物和生物素同时修饰在转座酶的接头序列的5位形成第一接头；所述第一接头连接在所述转座酶的剪切活性靶标位点完成所述小分子化合物与所述生物素偶联修饰的转座酶A的构建；

(2)在刀豆蛋白A磁珠结合的细胞悬液中加入含有所述转座酶A和镁离子的溶液进行孵育，以使小分子化合物结合位点被切割，同时生物素修饰的所述第一接头连接在DNA的特定位点；

(3)洗脱游离的所述转座酶A后加入含有转座酶B和镁离子的溶液继续孵育，以切割所述细胞的染色质开放性区域的DNA片段；其中所述转座酶B为在所述转座酶的剪切活性靶标位点连接第二接头形成；

(4)富集切割的DNA片段并进行PCR扩增和二代测序，完成染色质DNA结合图谱测序文库的构建。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤(1)中，利用叠氮基团修饰所述小分子化合物的方法为：通过所述小分子化合物的侧链官能团与叠氮基团连接，并使得所述叠氮基团与所述小分子化合物的骨架之间保持设定距离。

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述叠氮基团与所述小分子化合物之间设置至少一个连接基团，用以保持两者之间的设定距离。

4.根据权利要求2或3所述的方法，其特征在于，所述小分子化合物能够与染色质DNA相互作用，且其侧链官能团包括氨基、羟基、或羧基。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述转座酶能特异性结合双链序列，所述转座酶包括Tn1、Tn2、Tn3、Tn4、Tn5、Tn6、Tn7、Tn8、Tn9或Tn10转座酶。

6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤(1)中，所述第一接头由等摩尔的DBMEA寡核苷酸和ME寡核苷酸退火杂交形成；所述DBMEA寡核苷酸通过所述叠氮基团修饰后的所述小分子化合物与DBCO-BMEA寡核苷酸经过点击化学反应得到；所述DBCO-BMEA寡核苷酸的序列如SEQ ID NO.1所示；所述ME寡核苷酸的序列如SEQ ID NO.2所示；

5’-DBCO-Biotin dT-TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG-3’；SEQ ID NO.1；其中该序列中5’端DBCO修饰，第一个T碱基侧链生物素修饰；

5’-P-CTGTCTCTTATACACATCT-NH₂ -3’；SEQ ID NO.2；该序列中5’端磷酸化，3’端氨基修饰。

7.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述第二接头的序列如SEQ ID NO.3所示；

MEB寡核苷酸：5’- GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAG-3’；SEQ ID NO.3。

8.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤(2)中包括步骤：

i)利用活化的刀豆蛋白A磁珠捕获细胞，使得细胞附着在所述刀豆蛋白A磁珠上；

ii)加入含有洋地黄皂苷、牛血清蛋白的溶液孵育细胞用于通透所述细胞并封闭所述细胞中非特异性的染色质DNA结合位点；后进行孵育，以使小分子化合物结合位点被切割。

9.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤(4)中切割的DNA片段均位于所述小分子化合物的结合位点；富集切割的DNA片段则利用链霉亲和素磁珠回收富集。

10.一种用于小分子-DNA相互作用图谱测序的试剂盒，其特征在于，包括利用权利要求1-9中任一所述的方法进行小分子-DNA相互作用图谱测序的试剂，所述试剂包括转座酶A和转座酶B，还包括直接测序试剂、退火缓冲液、封闭缓冲液或PCR试剂中的一种或多种。