[发明专利]猪1号染色体上与猪肋骨数性状相关的SNP标记引物对及其应用

说明书

本发明涉及猪1号染色体上与猪肋骨数性状相关的SNP标记引物对及其应用。所述SNP标记位于猪1号染色体上的MTHFD1L基因的核苷酸序列上，所述SNP标记的位点为国际猪基因组11.1版本参考序列中猪1号染色体WU_10_2_GL896601_1_56核苷酸位点的分子标记，且具有T/G多态性。一种用于检测所述的SNP标记的引物对，上游引物为：SEQ ID NO：2，下游引物为：SEQ ID NO：3。本发明提供的SNP标记可应用于猪肋骨数性状的标记辅助选择中，通过鉴定该SNP标记的基因型来筛选具有多肋骨数的猪群体或品系。该群体或品系的建立能够提高猪的肋骨数和产肉性能，并且产生更多的社会和经济效益。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，涉及一种与猪肋骨数性状相关的SNP标记引物对及其应用。

背景技术

猪肉在中国人的肉类消费结构中占比在60％左右，随着人口的不断增长和生活水平的逐步提升，人们对于猪肉的需求也日益增加，提升猪肉产量是育种过程中的重要目标之一，提升优质猪肉产量更是重要的方向。肋骨的数量会影响胴体长度和肉产量，肋排肉更是最受消费者欢迎的优质猪肉部位。肋骨数是衡量猪胴体产肉率的重要指标，肋骨与胸椎相连，胸椎的数目决定了肋骨的数目，1根胸椎对应2根肋骨。随着肋骨数的增加，猪的体长或胴体长也在相应的增长，每增加一根肋骨可使成年猪体长增加约60mm，猪肉产量也因此相应的增加，选育肋骨数性状具有较大的经济价值。但是肋骨数性状主要是通过屠宰后测定，常规选育难度大。与传统育种相比，利用与性状相关的标记进行分子选择可以有效加快育种进程。研究猪肋骨数的遗传分子机制，鉴别影响猪肋骨数的有关分子标记应用于育种中，对选育多肋骨数和高产肉率的群体或新品系具有重要的经济效益。

发明内容

本发明的目的在于针对传统猪肋骨数测定难度大、选育耗时费力，选育效果慢的问题，提供与猪肋骨数相关的SNP标记开发而成的选育分子标记。

本发明的另一个目的在于提供用于检测上述SNP标记的引物对和检测方法。

本发明还有一个目的在于提供上述SNP标记、分子标记、引物的用途。

本发明的目的可通过以下技术方案实现：

猪1号染色体上与猪肋骨数性状相关的分子标记，所述的分子标记序列如SEQ IDNO：1所示，其中含有一个与猪肋骨数性状相关的SNP标记位点，该位点为国际猪基因组11.1版本参考序列中猪1号染色体WU_10_2_GL896601_1_56核苷酸位点，在SEQ ID NO：1中所述的SNP标记位点位于第501位，存在T/G多态性；在苏淮猪中，该位点GG和TG型个体的肋骨数极显著多于TT型的个体；在长大二元杂交猪中，该位点GG型个体的肋骨数显著多于TT型的个体。

一种用于检测猪1号染色体上与猪肋骨数性状相关的SNP标记的引物对，上游引物为：SEQ ID NO：2，下游引物为：SEQ ID NO：3。

本发明所述的分子标记、所述的引物对在检测猪肋骨数性状和/或猪育种中的应用。

一种检测所述的猪1号染色体上与猪肋骨数性状相关的SNP标记的方法，包含PCR扩增国际猪基因组11.1版本参考序列中猪1号染色体WU_10_2_GL896601_1_56核苷酸位点的一段序列，对扩增产物进行测序，判读该位点的T/G多态性。

作为本发明的一种优选，利用本发明所述的引物对对猪基因组DNA进行PCR扩增。

作为本发明的进一步优选，所述的方法包括以下步骤：

(1)取猪组织样品提取总DNA；

(2)用已提取的猪基因组DNA为模板，使用本发明所述的引物对进行PCR扩增；

(3)扩增产物进行测序，分析测序结果，判读在SEQ ID NO：1第501位的T/G多态性。