[发明专利]一种利用16srDNA测序技术检测肠道菌群辅助分析支气管哮喘的方法在审
| 申请号: | 202210143451.5 | 申请日: | 2022-02-16 |
| 公开(公告)号: | CN114717340A | 公开(公告)日: | 2022-07-08 |
| 发明(设计)人: | 胡霞芬;王强 | 申请(专利权)人: | 武汉科技大学 |
| 主分类号: | C12Q1/689 | 分类号: | C12Q1/689;C12Q1/6869;C12R1/01 |
| 代理公司: | 武汉大楚知识产权代理事务所(普通合伙) 42257 | 代理人: | 徐杨松;高源 |
| 地址: | 430080 湖北*** | 国省代码: | 湖北;42 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 一种 利用 16 srdna 技术 检测 肠道 辅助 分析 支气管哮喘 方法 | ||
1.一种利用16SrDNA测序技术检测肠道菌群辅助分析支气管哮喘的方法,其特征在于,包括如下步骤:
S1.制备健康人群肠道菌群数据:取多个健康人的粪便组织,对粪便组织细菌16SrRNA的V3-V4区域PCR扩增,并对扩增产物进行定量检测、测序,分门统计拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门和脱铁杆菌门的占比数据;
S2.检测患者肠道菌群数据:取患者的粪便组织,对粪便组织进行细菌16SrRNA的V3-V4区域PCR扩增,并对扩增产物进行定量检测、测序,分别统计拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门和脱铁杆菌门的占比数据;
S3.对比判断:将步骤S2获得的患者数据与步骤S1获得的健康人群数据进行对比,分别比对四类细菌群落占比差异,判断患者的拟杆菌门和脱铁杆菌门占比是否增加,厚壁菌门和变形菌门占比是否降低,如果符合则患者较大概率患有支气管哮喘,不符合则患者患有支气管哮喘的概率较低。
2.根据权利要求1所述的一种利用16SrDNA测序技术检测肠道菌群辅助分析支气管哮喘的方法,其特征在于,所述步骤S1和S2中,取粪便组织,对粪便组织进行细菌16SrRNA的V3-V4区域PCR扩增,其具体步骤为:首先,提取粪便组织的基因组总DNA;然后,使用1%琼脂糖凝胶电泳和超微量分光光度计检测抽提基因组DNA;最后,对细菌16SrRNA的V3-V4区域进行PCR扩增。
3.根据权利要求2所述的一种利用16SrDNA测序技术检测肠道菌群辅助分析支气管哮喘的方法,其特征在于,所述PCR扩增的具体步骤为:在4μL 5×FastPfu缓冲液,2μL 2.5mMdNTPs,0.8μL 5μM正向引物,0.8μL 5μM反向引物,0.4μL FastPfu聚合酶,10ng模板DNA,0.2μL牛血清蛋白,补ddH2O至20μL中行PCR扩增,所述正向引物采用338F,所述反向引物米用806R。
4.根据权利要求3所述的一种利用16SrDNA测序技术检测肠道菌群辅助分析支气管哮喘的方法,其特征在于,所述扩增的具体步骤为:首先,92℃以上5min预变性;而后,95℃变性30s,55℃退火30s,75℃延伸30s,25个循环;最后,75℃延伸8min,回收PCR产物并检测。
5.根据权利要求1所述的一种利用16SrDNA测序技术检测肠道菌群辅助分析支气管哮喘的方法,其特征在于,所述步骤S1和S2中,所述定量检测采用荧光定量检测。
6.根据权利要求1所述的一种利用16SrDNA测序技术检测肠道菌群辅助分析支气管哮喘的方法,其特征在于,所述步骤S1和S2中,测序后需对测序数据进行除杂处理,以优化DNA序列。
7.根据权利要求6所述的一种利用16SrDNA检测肠道菌群辅助分析支气管哮喘的方法,其特征在于,所述优化DNA序列后,需对优化序列提取非重复序列,按照97%相似性进行OTU聚类,去除嵌合体序列。
8.根据权利要求1所述的一种利用16SrDNA测序技术检测肠道菌群辅助分析支气管哮喘的方法,其特征在于,所述步骤S1和S2中,分门统计采用贝叶斯算法,对比Silva 16s细菌和古细菌核糖体Silva数据库,完成分类。
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