[发明专利]一种构建高质量免疫组库文库的方法在审
| 申请号: | 202111095473.0 | 申请日: | 2021-09-17 |
| 公开(公告)号: | CN114277091A | 公开(公告)日: | 2022-04-05 |
| 发明(设计)人: | 张镇海;余学清;唐海培;曾惠昆;汪启龙;朱燕;陈青云;蓝春红;关俊杰;谢文汐 | 申请(专利权)人: | 广东省人民医院 |
| 主分类号: | C12Q1/6806 | 分类号: | C12Q1/6806;C12N15/10;C12Q1/6869;C40B50/06;C40B40/08;C12N15/11 |
| 代理公司: | 广州中坚知识产权代理事务所(特殊普通合伙) 44515 | 代理人: | 赖丽娟 |
| 地址: | 510000 广东*** | 国省代码: | 广东;44 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 一种 构建 质量 免疫 文库 方法 | ||
1.一种构建带有双端Barcode、双端UMI和双端Index的高质量免疫组库文库的方法,其特征在于,所述方法按照以下步骤进行:
(1)提取样本中的总RNA;
(2)对步骤(1)中的总RNA进行逆转录,合成带有单端Barcode和单端UMI的First-strand cDNA,并纯化所述First-strand cDNA;
(3)往所述First-strand cDNA中加入PCR#1反应体系,进行第一轮RCR扩增,经纯化后获得第一轮扩增产物;
(4)往第一轮扩增产物中加入PCR#2反应体系,进行第二轮RCR扩增,经纯化后获得第二轮扩增产物;
(5)往第二轮扩增产物中加入PCR#3反应体系,进行接头序列的扩增,所产生的扩增产物经纯化后即为免疫组库文库。
2.如权利要求1所述的方法,其特征在于,逆转录是在存在带有Barcode、UMI和Read2的特异性引物GSP的情形下进行的,GSP从5’端开始为Read2序列、Barcode序列、UMI序列和BCR或TCR亚型特异性序列,Read2序列长22bp,Barcode为12bp的可变序列和4bp的固定碱基ACTG,UMI由随机碱基组成,长12bp,碱基序列为NNNNNNNNNNNN。
3.如权利要求1所述的方法,其特征在于,在步骤(2)中,在逆转录后,先进行RNase H处理,然后再进行纯化。
4.如权利要求1所述的方法,其特征在于,在步骤(3)中,在第一轮RCR扩增时,以所述First-strand cDNA为模板,利用带有Barcode、UMI和Read1的特异性引物进行PCR延伸,从而形成带有双端Barcode和UMI的第一轮扩增产物。
5.如权利要求1所述的方法,其特征在于,在步骤(4)中,在第二轮RCR扩增时,以带有双端Barcode和UMI的第一轮扩增产物为模板,利用Read1和Read2作为上下游引物进行扩增富集,获得第二轮扩增产物。
6.如权利要求1所述的方法,其特征在于,在步骤(5)中,在第三轮RCR扩增时,以扩增富集后的第二轮扩增产物为模板,以含有双端Index的测序接头为引物,对富集后的模板进行扩增,从而获得带有测序接头的扩增产物,用于上机测序。
7.如权利要求2所述的方法,其特征在于,在逆转录时,所述引物序列为SEQ ID No 1(TCR)和SEQ ID No 2-6(BCR)。
8.如权利要求4所述的方法,其特征在于,在第一轮RCR扩增时,所述引物序列为SEQ IDNo 7-43(TCR)和SEQ ID No 44-51(BCR)。
9.如权利要求5所述的方法,其特征在于,在第二轮RCR扩增时,所述引物序列为SEQ IDNo 52-53。
10.如权利要求6所述的方法,其特征在于,在第三轮RCR扩增时,所述引物序列为SEQID No 54-55。
11.一组用于构建带有双端Barcode、双端UMI和双端Index的高质量免疫组库文库的引物,其特征在于,所述一组引物包括SEQ ID No 1-55。
12.一种用于构建带有双端Barcode、双端UMI和双端Index的高质量免疫组库文库的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括一组引物,所述一组引物包括SEQ ID No 1-55。
13.一种高质量免疫组库文库,其特征在于,所述免疫组库文库的两端含有Barcode、UMI和Index。
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