[发明专利]一种基于核酸质谱平台体细胞突变超敏检测方法

说明书

本发明公开了一种基于核酸质谱平台体细胞突变超敏检测方法，所述方法包括以下步骤：获取待检测基因；对待检测基因执行分析操作，得到待测突变位点；根据待测突变位点设计PCR扩增引物、SAP反应试剂、单碱基延伸阻遏引物和野生型阻遏探针；对待检测基因执行扩增操作，得到PCR产物；对PCR产物执行SAP反应操作，得到消化产物；对消化产物执行延伸反应操作，得到延伸产物；对延伸产物执行点样操作，获得点样数据；对点样数据进行分析，获取待检测基因突变类型；通过上述方式，本发明成本较低，检测时间耗时较短，可以灵活设计突变位点，超高的灵敏度，较高的突变检测通量，可同时检测近百种突变类型，适用面广，可以适用于不同的样本类型。

技术领域

本发明涉及基因检测技术领域，特别是涉及一种基于核酸质谱平台体细胞突变超敏检测方法。

背景技术

随着人类基因组学、药物基因组学及肿瘤分子生物学研究的不断深入和发展，肿瘤治疗的模式由经验性指导治疗逐渐走向基因导向的个体化治疗。

现有的基因检测技术主要包括：

直接测序法，其优点是成本较低，检测结果比较直观；其缺点是过程繁琐，耗时较长，并且灵敏度有限。

焦磷酸测序法，其优点是无需电泳无需对DNA片段进行荧光标记，就可以快速、准确地测定一段较短的目标片段；其缺点是测序长度较短，且容易造成污染。

探针扩增阻滞突变系统，其优点是敏感性较高，其检测结果与临床疗效的一致性更好；其缺点是需要特殊探针，每次仅能检测一种突变。

变性高效液相色谱法，其优点是简单、快速、敏感性高，不仅可用于已知突变的检测，还可以用于未知突变的扫描；其缺点是只能检测有无突变，不能检测出同源突变和突变类型，并且其检测结果判读容易出错，当有多个片段需要检测时，由于有多个解链温度，需要多步检测，增加了工作量。

高分辨率熔解曲线分析技术，其优点是灵敏度高，可用于体细胞突变的检测和测序前突变的筛选，并且无需序列特异性探针，也不受突变碱基位点与类型的局限，操作简单，无需PCR后续操作，选择性好；其缺点是只能分析纯度单一的小片段DNA，且要求有足够的模板，模板含量不少于1ng时能得到稳定可靠的结果。

聚合酶链反应-单链构象多态性分析，其优点是灵敏性更高，无需特殊仪器，还可以对未知的突变进行检测；其缺点是电泳时间较长，操作步骤比较繁琐，只能进行定性分析且需要平行的标准对照，受实验条件影响较大，容易出现假阴性。

突变体富集PCR，其优点是突变灵敏性更高，特异性更强，可检测千分之一的突变；其缺点是两次PCR，操作复杂、耗时长且容易污染.

微数字PCR，其优点是相比于组织学的结果，采用该方法检测血浆标本的敏感性和特异性分别高达92％和100％；其缺点是成本较高。

发明内容

本发明主要解决的是现有的基因检测技术检测过程复杂，耗时较长，容易造成污染，检测结果不准确以及成本较高等问题。

为解决上述问题，本发明采用的一个技术方案是：提供一种基于核酸质谱平台体细胞突变超敏检测方法，包括以下步骤：

获取待检测基因；

对所述待检测基因执行序列分析操作，得到待测突变位点；

根据所述待测突变位点设计PCR扩增引物、SAP反应试剂、单碱基延伸阻遏引物和野生型阻遏探针；

通过所述PCR扩增引物对所述待检测基因执行扩增操作，得到PCR产物；

通过所述SAP反应试剂对所述PCR产物执行SAP反应操作，得到消化产物；

通过所述单碱基延伸阻遏引物对所述消化产物执行延伸反应操作，得到延伸产物；

对所述延伸产物执行点样操作，获得点样数据；

对所述点样数据进行分析，获得待检测基因突变类型。