[发明专利]HLA多样性的定量评分

说明书

公开了用于定量实体组织或循环肿瘤DNA样品中预期患者对免疫检查点抑制疗法的响应的HLA多样性的系统和方法。

相关申请

本申请要求2019年4月5日提交的第62/830297号美国临时专利申请的优先权，其公开内容通过引用整体并入本文中。

发明背景

技术领域

本公开涉及HLA等位基因多样性和定量HLA等位基因多样性。

相关技术的描述

人类白细胞抗原(HLA)系统或复合体是编码人类主要组织相容性复合体(MHC)蛋白的基因复合体。主要组织相容性复合体(MHC)是脊椎动物中获得性免疫系统识别外来分子所必需的一组细胞表面蛋白，其进而决定了组织相容性。MHC分子的主要功能是与来源于病原体的抗原结合，并在细胞表面展示它们，以被适当的T细胞识别。MHC分子负责调节人的免疫系统。MHC决定了供体对器官移植的相容性，以及经由交叉反应免疫对自身免疫疾病的易感性。因此，HLA在感染、自身免疫性疾病和癌症中起重要作用。

发明概述

在一些实施方案中，定量对象中的至少一个HLA等位基因对的多样性的方法包括获得对象中一个或多个HLA等位基因对的DNA序列，比较所述一个或多个HLA等位基因对的DNA序列以获得比对评分，获得所述一个或多个HLA等位基因对的比对评分的分布，以及确定所述至少一个HLA等位基因对相对于所有HLA等位基因对的比对评分的分布的百分位数评分。

在一些实施方案中，定量对象中的至少一个HLA等位基因对的多样性的方法还包括将百分位数评分与第一预定阈值进行比较。

在定量对象中至少一个HLA等位基因对的多样性的方法的一些实施方案中，至少一个HLA等位基因对包括HLA A、B、C、E、F、G、H、J、K、L、DP、DQ和DR等位基因的任何对。

在定量对象中的至少一个HLA等位基因对的多样性的方法的一些实施方案中，如果百分位数评分等于或大于第一预定阈值，则向所述对象推荐第一种治疗。

在定量对象中至少一个HLA等位基因对的多样性的方法的一些实施方案中，如果百分位数评分小于第一预定阈值，则向所述对象推荐第二种治疗。

在一些实施方案中，定量对象中的至少一个HLA等位基因对的多样性的方法还包括：确定一个或多个HLA等位基因对的表达水平，获得至少一个HLA等位基因对相对于一个或多个HLA等位基因对的表达水平的表达水平评分，基于至少一个HLA等位基因对的表达水平评分，确定至少一个HLA等位基因对相对于一个或多个HLA等位基因对的比对评分的分布的加权百分位数评分，将加权百分位数评分与第二预定阈值进行比较。在一些实施方案中，如果加权百分位数评分等于或大于第二预定阈值，则向对象推荐第一种治疗。

在一些实施方案中，如果加权百分位数评分小于第二预定阈值，则向对象推荐第二种治疗。

在一些实施方案中，第一预定阈值为约75％。

在一些实施方案中，第二预定阈值为约75％。

在一些实施方案中，第一种治疗包括ICI。

在一些实施方案中，第二种治疗包括非ICI。

在一些实施方案中，如果第一预定阈值是50％，则向对象进一步推荐第一种另外的治疗。

在一些实施方案中，如果第二预定阈值是50％，则向对象进一步推荐第二种另外的治疗。

在一些实施方案中，表达水平是RNA的表达水平、蛋白质的表达水平或两者。

在定量至少一个HLA等位基因对的多样性的方法的一些实施方案中，随时间重复所述定量以确定百分位数评分相对于第一预定阈值是否存在变化。