[发明专利]HLA多样性的定量评分

权利要求书

1.对对象中的至少一个HLA等位基因对的多样性进行定量的方法，所述方法包括：

获得对象的一个或多个HLA等位基因对的DNA序列；

比较所述一个或多个HLA等位基因对的DNA序列，以获得比对评分；

获得所述一个或多个HLA等位基因对的比对评分的分布；和

确定所述至少一个HLA等位基因对相对于所有HLA等位基因对的比对评分分布的百分位数评分。

2.如权利要求1所述的方法，还包括将所述百分位数评分与第一预定阈值进行比较。

3.如权利要求1所述的方法，其中所述至少一个HLA等位基因对包括HLA A、B、C、E、F、G、H、J、K、L、DP、DQ和DR等位基因的任何对。

4.如权利要求1所述的方法，其中如果所述百分位数评分等于或大于所述第一预定阈值，则向所述对象推荐第一种治疗。

5.如权利要求1所述的方法，其中如果所述百分位数评分小于所述第一预定阈值，则向所述对象推荐第二种治疗。

6.如权利要求1所述的方法，其中所述方法还包括：

确定所述一个或多个HLA等位基因对的表达水平；

获得所述至少一个HLA等位基因对相对于所述一个或多个HLA等位基因对的表达水平的表达水平评分；

基于所述至少一个HLA等位基因对的表达水平评分，确定所述至少一个HLA等位基因对相对于所述一个或多个HLA等位基因对的比对评分的分布的加权百分位数评分；

将所述加权百分位数评分与第二预定阈值进行比较。

7.如权利要求6所述的方法，其中如果所述加权百分位数评分等于或大于所述第二预定阈值，则向所述对象推荐第一种治疗。

8.如权利要求6所述的方法，其中如果所述加权百分位数评分小于所述第二预定阈值，则向所述对象推荐第二种治疗。

9.如权利要求2所述的方法，其中所述第一预定阈值为约75％。

10.如权利要求6所述的方法，其中所述第二预定阈值为约75％。

11.如权利要求4所述的方法，其中所述第一种治疗包括ICI。

12.如权利要求5所述的方法，其中所述第二种治疗包括非ICI。

13.如权利要求2所述的方法，如果第一预定阈值是50％，则向所述对象进一步推荐第一种另外的治疗。

14.如权利要求6所述的方法，如果所述第二预定阈值是50％，则向所述对象进一步推荐第二种另外的治疗。

15.如权利要求6所述的方法，其中所述表达水平是RNA的表达水平、蛋白质的表达水平或两者。

16.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中随时间重复所述定量，以确定所述百分位数评分相对于所述第一预定阈值是否存在变化。

17.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中随时间重复所述定量，以确定所述百分位数评分相对于所述第二预定阈值是否存在变化。

18.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述定量包括TCR克隆性的评估。