[发明专利]基于转录组序列开发的葛根SSR标记引物对及其应用有效

专利信息
申请号: 201810420944.2 申请日: 2018-05-04
公开(公告)号: CN108424975B 公开(公告)日: 2023-04-18
发明(设计)人: 肖亮;严华兵;尚小红;谢向誉;曹升;陆柳英;曾文丹 申请(专利权)人: 广西壮族自治区农业科学院经济作物研究所;广西作物遗传改良生物技术重点开放实验室
主分类号: C12Q1/6895 分类号: C12Q1/6895;C12Q1/6811;C12N15/11
代理公司: 重庆为信知识产权代理事务所(普通合伙) 50216 代理人: 蓝文苑;刘旭章
地址: 530007 广西壮族自治区南宁市广西*** 国省代码: 广西;45
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摘要:
搜索关键词: 基于 转录 序列 开发 葛根 ssr 标记 引物 及其 应用
【说明书】:

发明公开了一种基于转录组序列开发的葛根SSR标记引物对,共28对。所述SSR标记引物对是基于转录组序列开发得到的,克服了传统方式开发SSR标记步骤繁琐、工作量大、成本高的问题。最终进行SSR引物筛选与葛根种质资源遗传多样性分析,验证了SSR引物的有效性。本发明获得的SSR标记引物对是稳定存在的新标记,能够实现对葛根种质资源鉴定,亲缘关系鉴定及遗传多样性分析等奠定基础,具有很大的科学价值与应用价值。

技术领域

本发明属于分子生物学DNA标记技术领域,具体涉及基于转录组序列开发的葛根SSR标记引物对及其应用。

背景技术

葛根是豆科葛属(Pueraria DC.)多年生植物,素有“北参南葛”、“亚洲人参”之美誉,野葛(Pueraria lobata)和粉葛(Pueraria thomsonii)是我国葛属植物中分布最广的两个种,是我国药食同源的两种主要的种。葛根含有葛根素、黄酮等药用成分,具有美容丰胸、解肌、透疹、止泻、降脂、降糖、解酒、等功效。葛根富含淀粉,可作为非粮生物质新材料,避开产业发展中“与民争粮,与粮争地”的瓶颈,具有巨大的开发潜力。葛根生长迅速、生物量高、适应性好,2014国际葛根健康产业发展论坛透露,我国野葛和粉葛面积近100万公顷,具有很好的市场前景。广西葛根种植面积50多万亩,分布面积广,隆林、桂林、容县、凌云、崇左、梧州、天等、钦州、玉林等地均有种植,其中藤县年种植粉葛面积就超过10万亩,超过全国面积的1/5,对当地农民增收与农业结构调整有着重要意义。

葛根是我国具有自主知识产权的新药的研究领域,在中国种植历史悠久,但是长期以来主要靠采收野生资源供药用,因过度的采挖,以及资源保护和品种选育研究滞后,一些优良的葛根资源正在减少和消失。近年来,品种收集、评价和遗传多样性分析等研究受到了相应的重视。近几年,研究者已经相继用RAPD,ISSR,SRAP等标记对葛根的遗传多样性开展了研究,但针对广西地方品种的研究没有报道。

简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR)标记随机分布在基因组中,共显性,丰度高,多态性高,相比于EST-SSR标记,转录组开发的SSR频率更高,能提高遗传多样性分析的准确性。相比于基于基因组文库开发的SSR标记,转录组开发的SSR特异性地靶向基因组的转录区,一旦基因功能得到证实,可直接用于辅助选择育种,增加了与性状决定基因连锁的潜力。

本发明通过对葛根转录组测序发掘到一批Unigenes,从中搜索到大量SSR位点(包括单核苷酸重复至六核苷酸重复),设计并合成引物对,检测了一批广西来源的葛根资源的遗传相似性,验证了这些SSR引物的可用性。

发明内容

本发明的目的在于:针对上述存在的不足,本发明提供了基于转录组序列开发的葛根SSR标记引物对及其应用。本发明采用生物信息学途径进行葛根SSR标记引物的开发,可大批量开发SSR标记引物,获得的SSR标记引物对是稳定存在的新标记,SSR标记具有多态性高、重复性好、共显性、易检测、操作简单、等优点,比现有技术信息更全面、通用性好、效率更高,克服了传统方式开发SSR标记步骤繁琐、工作量大、成本高的问题。本发明获得的SSR引物对能够实现对葛根种质资源鉴定、遗传多样性分析和分子标记辅助育种等研究,具有很大的科学价值与应用价值。

为了达到上述目的,本发明采用了以下技术方案:

一种基于转录组序列开发的葛根SSR标记引物对,其特征在于:所述引物对共28对,分别为:

第一对引物,其引物序列为:其正向引物序列如SEQ ID NO:1所示,反向引物序列如SEQ ID NO:2所示;

第二对引物,其引物序列为:其正向引物序列如SEQ ID NO:3所示,反向引物序列如SEQ ID NO:4所示;

第三对引物,其引物序列为:其正向引物序列如SEQ ID NO:5所示,反向引物序列如SEQ ID NO:6所示;

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